通常情况下，在发生与合同有关的争议及出现合同未及事宜的情况下均可能用到协商机制。财政部、发改委分别制定的PPP协议范本指南中，对于争议的协商解决方式均有一定提及，但实践中的PPP协议及相关项目合同中，常见的仍然是“与本协议相关的任何争议，双方无法通过友好协商解决的，任何一方可将争议提交（××仲裁机构）依据届时有效的仲裁规则进行仲裁”或者“与本协议相关的争议，双方应通过友好协商解决。协商不成，任何一方可向有管辖权的人民法院起诉”这样的简单规定。偶尔有规定稍详细的，也只是规定了协商期，即在争议发生后多长时间（例如30日）内协商、多长时间（例如30日）内协商达不成一致则提交仲裁等。PPP项目具有投资大、周期长、涉及范围广、参与主体众多、法律结构复杂等特点，在签订项目合同时无论合同各方经过怎样周密的调研与磋商，均不可能覆盖在以后履行过程中所有问题，因此建立通过协商解决问题的机制对于PPP项目来讲非常重要。就目前实践而言，PPP项目合同通常未涉及未及事项协商，或者仅包含了所有合同中通用的原则性条款，例如本合同未及事宜，双方协商解决等。
一般简单项目商业合同的起草者通常会在起草的合同中简化协商程序条款，通常是出于这样的考虑：
应该说，这样的考量在签订买卖、租赁等日常经济合同时是有一定道理，也是此类日常合同起草中通常采取的方式。但是，这一考量在PPP项目中并不合适。
与一般交易不同，PPP项目是政府与社会资本合作为社会提供公共产品或公共服务。由于项目的公共性质，发生争议时提供产品或服务的一方无权停止服务或降低服务水准。在此情形下，当事人缺乏通过停止履行本方合同义务来促使合同对方谈判的权利，在缺乏明确协商机制的情况下除依协议起诉/提起仲裁外别无他法。而仲裁、诉讼形成裁判所需时间长、解决争议时对抗性强，并不符合我国当事人的操作习惯。由于长期以来当事人对于“民告官”的忧虑，使得这个问题在社会资本方来讲尤其显著。而这个忧虑不是由具体程序是行政诉讼还是民事诉讼、是诉讼还是仲裁带来的，而是由于主体性质决定的。由此协商在PPP项目中有更重要的意义。从PPP的复杂性来看，不论从PPP项目具有周期长的特点出发，还是从其结构复杂参与主体众多的特点出发，仅仅原则性地规定“协商解决”，均明显缺乏可操作性和推动力。在我们接待的相关案件中，有当事人反映在出现争议性问题，欲与政府方协商时，政府方各部门推诿，找不到相对人的情形，有当事人反映协商级别过低，无法及时有效解决问题的情形，也有当事人存在长时间不能在本方内部取得权威批准从而协商未果陷入僵局的情况。
鉴此，在PPP项目中，建立长效的制度化的沟通协商机制，在项目执行过程中定期交换各方意见与诉求，是及时发现问题，排除障碍，预防争端，或在争议初起时及时解决争议的有效途径。
财政部的《PPP项目合同指南》中介绍了“协商委员会”制度，即在合同中明确约定由政府方和项目公司的代表组成协商委员会，双方一旦发生争议应当首先提交协商委员会协商解决。《PPP项目合同指南》同时提出了协商前置和选择协商两种不同的协商制度安排。但指南中对协商委员会的构成、召集、性质、工作程序等未给出指导性意见。发改委的《政府和社会资本合作项目通用合同指南》中就编写协商条款提出的要求是：协商条款的编写应包括基本协商原则、协商程序、参与协商人员及约定的协商期限。
协商机制属于合同双方高度意思自治的内容。基于我们的实践及相关研究，以下简单介绍几种协商机制供参考，在实践中，这些协商机制可以搭配使用。为使协商机制发挥最大作用，需要根据PPP项目的具体情况设计，考虑的因素包括架构复杂程度、参与方的级别、项目在当地的重要性、当地的交易习惯、甚至各方决策的形成程序等。
规定在需通过协商解决的事件发生或问题被发现时，一方要求另一方派员协商的机制。通常有必要规定一方要求协商时通知的形式、内容，对方收到通知后回应的时限，如需开会协商或成立临时机构则需规定最迟的初次会晤时间，参加人资格，如果未能按时会晤或未能按时成立临时机构的处理方式，双方经协商如达成一致将以何种方式确认以及确认的效力，或者未能在规定的时间内达成一致的处理方式。
在世界银行的PPP的合同范本中，关于港口的特许经营协议范本中包含了使用协商解决争议的具体程序，其具体条款的主要内容如下：
与其他相对固定的协商机制相比，临时协商最为机动灵活，但对各方反应能力要求也最高。项目架构相对简单、主体反应机制灵活或处理PPP事务较为熟练的,可考虑采用这样的协商机制。如PPP项目或相关经验有限，采取临时协商机制在实际操作中反而可能由于需要临时商定事务性事宜而造成时间的浪费。如一方或多方内部决策程序比较复杂，则需谨慎，避免由于自身原因未能及时作出反应而违反程序情况发生。
所谓固定机构，是指各方指派固定的代表，形成专门交换意见、解决双方争议的常设机构。所有需要协商解决的问题均提交至这个常设机构，由各方代表协商。例如据我们所知，在某水务PPP项目中，各方根据约定各自派遣固定代表成立了项目管理委员会。项目管理委员会制定了类似公司董事会的会议召集制度，每年固定召开几次会议，经任何一方提议可以召开临时会议。固定机构协商结果的效力，根据各方对固定代表的授权而定。通常情况下，会规定协商结果提交双方批准和签署正式协议，但如果固定代表均获得全权代表本方协商争议解决和签署相关文件的授权，则当然可以由固定代表直接签署和解协议。
固定机构主要是指人员的固定：
从制度设计角度，建议对固定人员的级别或授权做一定的要求，以便协商结果能够及时获得各方认可或能够直接生效。
由于PPP模式在最初作为一种具体模式出现时强调了政府在项目公司中的参股，所以尽管PPP在作为政府与社会资本合作所有具体模式的总称而在全国范围内被推广的过程中并未强调政府在项目公司中参与股份，但不少PPP项目在架构设计中设计了政府指定机构对项目公司参股的安排。在此类项目PPP协议制定过程中，也有人提出，以项目公司的股东会或董事会作为PPP项目的定期协商机构，没有必要另行规定PPP合同的协商机制。我们认为这样的设计并不妥当：
因此，如PPP合同各方同意设立固定机构作为PPP项目的协商机构，以单独设立和制定运作制度为宜。
PPP项目合同执行中需要随时解决的问题涉及各个层面。通过“各方代表谈判-各自内部汇报-内部决策-再谈判或由上一级别代表谈判……”的流程固然能够解决问题，但也可能增加时间成本。在一些重大项目谈判中涉及过重大问题的定期会议安排，值得参考。所谓定期会议制度指双方一定层级的人员根据PPP项目合同的规定，定期召开本PPP项目的协商会议。
在定期协商会议机制中，参与协商的部门范围及各方代表的级别是决定定期协商能否及时有效的重要因素。如果与会各方并不包括实际发生或可能发生矛盾的部门，那么协商会议将无法起到其应有的作用。如果与会代表级别过低，则不能具体解决各方提出的问题，导致协商并无实际效果。因此，在相关制度设计中，应该充分考虑以上因素，尽可能将容易发生矛盾的部门包含在必须出席协商会议的范畴之内，同时应约定各方拥有决策权的领导出席会议，以便会上反映的各种问题能够及时、妥善的得到解决。另一理想设计是，定期会议参会人员应是各方有能力全面推动本方就所谈事项尽快做出反应和决策的职位，例如当地政府最高层官员，企业董事长或总经理等。在此情形下，定期会议的目标不一定是直接就PPP争议或新问题作出最终决策，而是引起双方的足够重视，推动各自的工作机构尽快完成协商。定期会议议题为双方各自提出的需要双方高层解决的关键性问题。
协商的周期应该根据项目的具体情况决定。项目运行期间风险的大小、项目各方关系的紧密程度等都应该作为考虑因素。例如，对于项目运行期间风险较大，可能的突发事件较多的情况，各方协商会谈的间隔时间应该相对较短，以便于及时发现并解决各种风险。对于项目各方拥有长期紧密合作关系的情况，可以适当延长协商周期。协商的周期需要各方在谈判时根据具体情况予以确定，过长的协商周期无法及时发现并反馈项目运行过程中出现的风险与矛盾，而过短的协商间隔则会过分提升各方成本，对于各方的时间、精力造成不必要的浪费。
协商机制的设立，可以由PPP项目各方在项目合同中通过相关条款明确约定，也可以考虑形成协商会议制度的具体文件，作为PPP项目合同的附件。
当然，无论协商机制的设立多么全面，都仅仅是在程序上协商能否顺利进行，能否达到预期效果，最终取决于双方协商的诚意。综合目前对于协商制度的担心，最集中的问题在于各方地位的不平等导致协商无法顺利进行。目前PPP相关的规章反复强调政府与社会资本在PPP项目中的平等地位，但不排除具体实施PPP项目的政府部门仍需进一步转变观念。观念的转变是在实践中渐进的过程。在PPP项目合同中规定详细的协商机制，至少可以从程序上督促政府方坐到谈判桌上来，按照既定的规则进行协商。而且，同意与社会资本签署并遵守详细的关于协商的程序性规定，本身就体现了政府方在项目中的诚意。
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