社会资本参与PPP项目的目的就是为了获得稳定的投资收益，实现资本的保值增值。对于政府补贴项目特别是公益性项目，政府给予社会资本的补贴额(政府 付费额)过多会损害纳税人和公众的利益，过少又难以吸引到社会资本，因此补贴额的多少往往成为社会资本与政府方博弈的焦点，也经常成为采购社会资本的评价指标之一。
最早涉及政府付费的解释是出现在《财政部关于印发政府和社会资本合作模式操作指南(试行)的通知》(财金〔2014〕113号)中。文中对政府付费的解释是：政府付费(Government Payment)，是指政府直接付费购买公共产品和服务，主要包括可用性付费(Availability Payment)、使用量付费(Usage Payment)和绩效付费(Performance Payment)。政府付费的依据主要是设施可用性、产品和服务使用量和质量等要素。财金〔2014〕113号只是PPP操作模式的一个框架，对于政府付费只是提到了概念。
财金〔2014〕113号颁布实施半年后，又颁布了《政府与社会资本合作项目财政承受能力论证指引的通知》(财金〔2015〕21号)，该文件对政府付费的概念进行了细化，并且给出了具体的计算公式。其中第16条指出：“运营补贴支出应当根据项目建设成本、运营成本及利润水平合理确定，并按照不同付费模式分别测算。”这里的运营补贴支出就是政府付费，公式如下：
当年运年运营补贴支出=
项目全部建设成本×(1+合理利润率)×(1+年度折现率)n
财政运营补贴周期(年)
+年度运营成本×(1+合理利润率) (1)
式中，n代表折现年数;财政运营补贴周期指财政提供运营补贴的年数;年度折现率应考虑财政补贴支出发生年份，并参照同期地方政府债券收益率合理确定;合理利润率应以商业银行中长期贷款利率水平为基准,充分考虑可用性付费、使用量付费、绩效付费的不同情景，结合风险等因素确定。
财金〔2015〕21号文是财政承受力指引给出了用于实际操作的政府付费计算公式,PPP项目实施中的政府付费多以此为公式为依据。该文的实施，使得各个计算参数有比较明确的参考依据，如：年度折现率参照同期地方政府债券收益率来确定，合理利润率则以商业银行中长期贷款利率水平为基准，两者都是由政府权威部门发布，不容易产生争议;同时，计算过程简单，非常便于实际操作。尽管如此，该公式在实际使用中仍出现了一些问题，主要体现在以下几方面：
(1)补贴数额前少后多，吸引社会资本的难度增加
根据政府付费计算公式，分子中有代表折现年数的n次方，是变量;而分母财政运营补贴周期是不变的，由此会造成项目前期补贴数额较少，往后越来越多。一般情况下，大多数社会资本方有“落袋为安”的心理，不会欢迎前期回款少后期回款多的模式，因此,采用这样的计算方法会增加项目吸引社会资本方的难度。
(2)预测精度有限，财政支出风险加大
根据财金〔2015〕21号文第二十七条，“未来年度一般公共预算支出数额可参照前五年相关数额的平均值及平均增长率计算，并根据实际情况进行适当调整”，也就是说未来年度一般公共预算支出额是预测值，时间越长则预测值越不准确。如果政府补贴额按前期少后期多的模式,运营期政府财政预算支出额越来越高但预测精准度却越来越低，就会增加政府后期财政支出的风险。
(3)投资收益规则模糊，成为双方矛盾焦点
(4)投资回报逐年变动,风险分配违背原则
社会资本的投资回报率，在吸引社会资本方时是一个重要的评审指标，在整个运营期内固定不变，符合风险分配融资、经济风险由社会资本承担的原则。而上述公式里的合理利润率和年度折现率在运营期是变化的，即：政府给社会资本的投资回报率也随经济状况而变化，这样就将融资风险、经济风险转移给了政府，违背了 PPP项目风险分配的初衷。
财金〔2015〕21号文并没有说明公式中的年度运营成本固定还是可调，固定是指在运营期间运营维护费固定不变，可调是指在运营期间成本按照一定规则进行调整。固定方式简便、清晰却没有反映运营成本随时间的变化;相比而言，可调方式能更真实地反映运营成本的变化，但财金〔2015〕21号文并没有给出可调公式。
建设项目在设计时一般会根据当前调研确定项目的标准、规模,但在漫长(至少10周年以上)的合作期内，难免会有使用量超过最大设计负荷的时候(例如：市政，公路、桥梁等项目在节假日超过最大设计流量)，由于：项目的公共物品属性，项目公司也不可能限使用。超负荷使用苛以造成超预期的成本支出，需要由政府进行额外付费,财金〔2014〕113号文和财金〔2015〕21号文以及其他的法律法规都没有对此做出规定。
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