融资阶段
PPP项目设立之初，除通过股东缴付出资进行股权性融资外，往往还会通过债权性融资获取项目运作所需资金，不同的债权性融资方式对应着不同的税务处理模式。
银行贷款。在所得税层面，通常而言，公司为支付银行贷款所支付的利息，可以直接计入成本从当年的应纳税所得额中扣除；需要进行资本化处理的，计入资产价值，通过以后年度的折旧抵减应纳税所得额。在增值税层面，“营改增”全面扩围后，银行提供贷款服务属于金融业“营改增”的范畴，银行应缴纳增值税。根据财税〔2016〕36号文的相关规定，PPP项目购买贷款服务所取得进项税额不得从销项税额中抵扣。
融资租赁。融资租赁分为直租型融资租赁和售后回租型融资租赁，两类融资租赁的税务处理并不相同。在所得税层面，直租型融资租赁的出租人就取得的租金收入缴纳所得税，项目公司作为承租人将租入资产确定为己方资产，以租赁合同约定的付款总额和缔约过程中发生的相关费用为计税基础，按年计提折旧。
融资性售后回租业务的所得税处理略为复杂，根据《关于融资性售后回租业务中承租方出售资产行为有关税收问题的公告》（国家税务总局公告2010年第13号），出租人就取得的承租人支付的属于融资利息的部分款项按贷款服务收入缴纳所得税，承租人出售资产的行为不确认为销售收入，仍按出售前原账面价值对出售资产计提折旧，同时，承租人支付的属于融资利息的部分，可作为企业财务费用税前扣除。
在增值税层面，直租型融资租赁的出租人应按动产租赁服务税目缴纳增值税，项目公司可就取得的进项税额进行抵扣；而融资性售后回租业务的出租人却应按贷款服务缴纳增值税，项目公司购买贷款服务取得进项税额不得从销项税额中抵扣。
02
非货币性资产投资
企业以非货币性资产对外投资，应对非货币性资产进行评估并按评估后的公允价值扣除计税基础后的余额，计算确认非货币性资产转让所得。同时，为减轻股东缴付税款的资金压力，财税〔2014〕116号文还规定了非货币性资产转让所得可在不超过5年期限内递延纳税。此外，最新出台的《关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）就技术入股的所得税处理作了特别规定，选择技术成果投资入股递延纳税政策的，经向主管税务机关备案，投资入股当期可暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税。
在增值税方面，根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），非货币性资产投资属于增值税意义上的应税行为，股东应就非货币性资产出资缴纳增值税，相应的，公司作为增值税服务的接受方，在取得股东开具的增值税专用发票、予以认证后可以抵扣进项。
03
明股实债问题
大量PPP项目中，地方政府对社会投资者承诺固定回报、最低回报，并承诺在一定时间内回购社会投资者所持有的股权。明股实债的PPP项目在外观上符合权益性投资的形式，但从项目运作的全过程来看，其本质上更多体现的是债权性投资的特性。
在税务处理上，税务机关对于明股实债更多适用实质课税原则。根据《国家税务总局关于企业混合性投资业务企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2013年第41号），若同时满足固定的利息支付、明确的投资期限和本金偿还、投资者对被投资企业的净资产不拥有所有权、不享有选举权与被选举权、不参与被投资企业日常生产经营活动等五个条件，则股东的投资属于混合性投资业务，股东所取得“分红”按债权性投资缴纳企业所得税及增值税，同时被投资企业应确认利息支出，按税法和《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（2011年第34号）第一条的规定进行税前扣除。对于被投资企业赎回的投资，投资双方应于赎回时将赎价与投资成本之间的差额确认为债务重组损益，分别计入当期应纳税所得额；若相关投资并未同时满足上述五个条件，则在税务处理上仍按权益性投资进行处理。
04
积极争取税收优惠
根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条第二款、第三款、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十七条、《财政部国家税务总局关于执行公共基础设施项目企业所得税优惠目录有关问题的通知》（财税〔2008〕46号）、《国家税务总局关于实施国家重点扶持的公共基础设施项目企业所得税优惠问题的通知》（国税发〔2009〕80号）和《财政部国家税务总局关于公共基础设施项目和环境保护节能节水项目企业所得税优惠政策问题的通知》（财税〔2012〕10号）的规定，投资企业从事《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目，从事公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
根据《财政部国家税务总局关于公共基础设施项目享受企业所得税优惠政策问题的补充通知》（财税〔2014〕55号）的规定：企业投资经营符合《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定条件和标准的公共基础设施项目，采用一次核准、分批次（如码头、泊位、航站楼、跑道、路段、发电机组等）建设的，凡同时符合以下条件的，可按每一批次为单位计算所得，并享受企业所得税“三免三减半”优惠：（1）不同批次在空间上相互独立；（2）每一批次自身具备取得收入的功能；（3）以每一批次为单位进行会计核算，单独计算所得，并合理分摊期间费用。
05
争取地方政府补贴
除税收优惠政策外，企业还可以通过税收返还、财政性资金等方式获得税收减免。但是，由于地区性税收返还或财政补贴政策通常仅停留在政策导向层面，对于具体的适用条件以及确切的税收返还、财政资金发放、税收减免金额等的规定比较模糊。
以财政补贴为例，目前，财税[2008]151号文和财税[2011]70号文明确了财政补贴的企业所得税处理。上述两个文件规定，对于企业取得的符合特定条件的财政性资金，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。然而，项目公司是否可以参照上述两个文件将取得的政府付费和可行性缺口补贴作为不征税收入，仍然存在很大的不确定性。
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