随着PPP项目在国内的不断推广，带来了社会资本在税务处理上的一些困惑或者问题。目前没有统一的税收法律法规或文件对各种PPP项目运作方式中可能涉及的税务影响作出明确的规定，而散布于多个税种的诸多文件中。本文尝试以PPP中最为典型的BOT运作方式为例，从项目公司组建、项目建设、营运、移交几个方面分析BOT的税务影响，并管窥其他运作方式的一些独特问题。希望引起参与PPP的社会资本的共鸣，推动完善相关的税收规定，为PPP的推广创造更好的税收环境。
通常项目公司采用有限责任公司的形式，股东获得分红的比例与持股比例相一致。中国居民企业股东从被投资的另一个居民企业获得的股息红利是免税所得。但是如果政府与社会资本分别持有一定的股份，并且约定分红向社会资本倾斜(作为一种补偿手段)，即社会资本获得的分红比例高于其持股比例，则存在如何认定该部分超比例分红的问题，究竟是来源于项目公司的免税的股息红利还是来源于政府的应税的偶然所得?笔者认为，《企业所得税法》第26条第2项以及《企业所得税法实施条例》第83条都没有规定符合免税条件的股息红利与持股比例挂钩，而《公司法》第34条规定了股东可以约定不按照出资比例分取红利，所以应该作为免税所得。
与有限责任公司制的项目公司相对应，另一个可选方式是以合伙制基金的形式设立项目公司，该种形式的设立架构示意图如下：
对于合伙制基金，2008年12月，财政部和国家税务总局联合发布了《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(简称“159号文”)，明确了合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”原则，规定合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，而合伙企业不作为纳税主体，由合伙人在其层面缴纳相应的企业所得税或个人所得税。此规定避免了公司制人民币基金组织形式下可能出现的重复征税问题。对于境内法人合伙人，其税收处理同公司基金法人投资者;对于自然人有限合伙人，从目前地方出台政策来看，如果不执行合伙企业事务，则仅需就收益缴纳20%个人所得税，执行合伙事务的普通合伙人(GP)按照“个体工商户的生产经营所得”缴纳个人所得税(适用税率5%-35%)。由于159号文规定，合伙企业合伙人应税所得包括企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得。所以个人合伙人即使没有从合伙企业取得实际分配的利润，仍可能产生个税税负。由于自然人有限合伙人从合伙企业取得收益需在合伙企业所在地纳税，地方税局有可能仍会要求合伙企业为其代扣代缴个税后方能进行收益分配。对于境外合伙人，需考虑是否有被判定构成常设机构的可能及预提所得税影响。
国税发[2003]61号规定对于中外合作非法人制创投企业可由投资各方分别申报缴纳企业所得税。在新所得税法出台后，该规定失效，目前对于中外合作非法人制创投企业税务处理存在较大不确定性。
为项目公司筹建而发生的费用，发生的当期可以在企业所得税前列支(部分费用的税前扣除有限额)。
项目建设期突出的税收是流转税，即营业税和增值税。李克强总理发表署名文章，称税制改革的重点仍旧是“营改增”。在建筑安装业完成“营改增”后，如果项目公司也是增值税一般纳税人，应该获得工程总包方开具的增值税专用发票以及金额巨大的增值税进项税留抵。这意味着该项目公司在回收工程投资前几乎不用交增值税了。
但是，该变化对部分享受现有增值税税收优惠的行业(比如销售再生水收入实行免征增值税;污水处理劳务免征增值税，对垃圾处理、污泥处理处置劳务免征增值税，以垃圾为燃料生产的电力或者热力实行增值税即征即退)的实际意义不大。因为没有销项税负债而导致这些进项税资产无法利用，巨大的进项税还是要在特许权期间摊销进当期成本费用。对此，业界有学者呼吁，国家税务总局和财政部是否可以考虑对部分投资收益低、回收期长的项目实行进项税退税，以提高社会资本投入这些乏人问津项目的积极性?
根据项目本身的内容与性质不同，在企业所得税层面也有相应优惠：
新的《企业所得税法》第二十七条明确企业“从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得”、“从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得”可以免征、减征企业所得税。实施条例据此明确，企业从事港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目投资经营所得以及从符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，给予“三免三减半”税收优惠。享受税收优惠直接增加了企业流动资金，进而吸引更多的资金投资于公共基础设施建设之中。
根据《企业所得税法》第三十四条规定：企业购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的投资额，可以按一定比例实行税额抵免。所谓的税额抵免，是指企业购置并实际使用符合相关优惠范围的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免;当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
根据财税[2008]48号的相关规定，企业利用自筹资金和银行贷款购置专用设备的投资额，可以按企业所得税法的规定抵免企业应纳所得税额;企业利用财政拨款购置专用设备的投资额，不得抵免企业应纳所得税额。企业购置并实际投入适用、已开始享受税收优惠的专用设备，如从购置之日起5个纳税年度内转让、出租的，应在该专用设备停止使用当月停止享受企业所得税优惠，并补缴已经抵免的企业所得税税款。转让的受让方可以按照该专用设备投资额的10%抵免当年企业所得税应纳税额;当年应纳税额不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
另外，国家税务总局<关于环境保护节能节水安全生产等专用设备投资抵免企业所得税有关问题的通知>(国税函[2010]256号)的规定，纳税人购进并实际使用规定目录范围内的专用设备并取得增值税专用发票的，如增值税进项税额允许抵扣，其专用设备投资额不再包括增值税进项税额;如增值税进项税额不允许抵扣，其专用设备投资额应为增值税专用发票上注明的价税合计金额。企业购买专用设备取得普通发票的，其专用设备投资额为普通发票上注明的金额。
目前，外界对于BOT项目设施所有权的归属存在重大分歧。以水务项目公司设施产权为例，作为中国第一部针对BOT项目的地方性规章，深圳市人民政府于2008年月发布并实施的《深圳市污水处理厂BOT项目管理办法》第二十五条规定，污水处理厂建设用地由市政府行政划拨给市水务局，在特许经营期内，市水务局交由经营者无偿使用，土地用途不得任意更改。由经营者投资建设的项目土地附着物、建(构)筑物、污水处理设施及设备等产权(所有权)属于市政府，在特许经营期内由市政府无偿给经营者使用，期满后再由经营者无偿移交给市政府或市政府指定的机构。即公有民营，项目公司通过取得行政许可权和政府签署特许经营协议后，获得的是对污水处理行业的专营权。在上述情况下，由于项目公司实质上不拥有设施的所有权，建议明确不适用《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》(国税函[2008]828号)，不需视同销售;由于其无形资产的计税基础已在特许经营期限内摊销完毕，也不作税收处理。
与上述公有民营相对应的为民有民营，即项目公司拥有BOT项目设施的所有权。在该种情况下，项目设施转让时可能会涉及相应转让评估价值及流转税、土地增值税等税务处理问题。
综上所述，在项目期满移交时的相关税务的处理主要取决于以下两点：
BOT项目设施的所有权法律归属问题;
假设BOT项目期满设施所有权归属于项目公司，即使摊余价值为零，由于税法更强调公允价值的概念，公允价值与账面摊余价值之间的差异如何处理以及对相关税务处理产生的影响。
这里带出的一个问题是在TOT运营方式下，政府将存量资产所有权有偿转让给社会资本或项目公司以及到期转回，政府平台以及社会资本/项目公司是否分别需就转让的资产缴纳增值税和土地增值税?由于项目资产所有权/经营权通常在运营期末会无偿移交给政府，其实质是社会资本为政府提供融资，并通过政府或者使用者付费实现融资的回收及报酬。虽然额外产生的税负会最终由项目公司通过向政府或者使用者收费来涵盖，但是，经济结果是提高了使用者的使用成本。
经营期间涉及股利分配，如果是境内居民企业间分配股利，免征企业所得税;境内居民企业分配股利给自然人股东，需代扣代缴20%个人所得税。
如果项目公司有境外股东，跨境分配股息给境外非居民企业，一般适用10%的预提所得税，如果境外非居民企业与中国间有签订双边税收协定，在符合一定条件下能够适用税收协定安排下的优惠预提所得税税率。
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