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1、在ncbi下载sratools软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz tar -xzvfsratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz ...

我没有细看 github 上的源代码,根据输出结果中的<archive path>推测它是把多个.fastq文件合并成一个.sra文件。那么理论上说完整的.sra文件里应该包含完整的三部分 reads,利用sra-toolkit中的fastq-dump提取出这些文件并用于 Cellranger...

mv SRR13450125.sra_1.fastq SRR13450125_S1_L001_I1_001.fastq mv SRR13450125.sra_2.fastq SRR13450125_S1_L001_R1_001.fastq mv SRR13450125.sra_3.fastq SRR13450125_S1_L001_R2_001.fastq mv SRR13450125.sra_4.fastq...