对于因PPP协议引发的争议属于民事争议还是行政争议，实践中存在两种观点：
第一种观点认为，2015年5月1日施行的《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第11条的规定，“行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政诉讼法第12条第1款第11项规定的行政协议。”根据该规定，PPP协议性质属于行政协议，应作为行政案件受理。理由是：1、从合同主体看，一方为政府，另一方为社会资本方，符合行政协议的主体要件。2、从订立协议的目的看，PPP协议的签订目的不是实现私益，而是基于社会公共利益的需要，地方政府为实现经济和社会管理目标的一种手段。3、从协议内容看，PPP协议通常包含多项政府基于其行政管理职能作出的优惠承诺和政策扶持，绝大多数涉及公权力的行政处分和承诺，如项目规划审批、用地指标取得、土地出让收益处分、税收奖励等，均非平等主体之间所能处分的私法上权益。
另一种观点认为，PPP协议属于民事合同，应当作为民事案件受理。因为尽管合同当事人中有一方是政府，但是双方合同的主要内容是对合作开发进行的约定，合同签订完全遵循平等、自愿、等价有偿的原则，而不存在行政命令和强迫的意思。在北京北方电联电力工程有限责任公司诉乌鲁木齐交通局BOT纠纷案中，一审法院认为BOT协议中涉及工程回购款的争议属于行政争议，二审法院认为属于民事争议。我国台湾地区《促进民间参与公共建设法》第12条规定：1、主办机关与民间机构之权利义务，除本法另有规定外，依投资契约之约定；契约无约定者，适用民事法相关之规定。2、投资契约之订定，应以维护公共利益及公平合理为原则；其履行，应依诚实及信用之方法。
目前司法倾向意见认为，参考我国台湾地区的做法，对于PPP协议应当进行区分：（1）涉及行政规划、许可、处罚、管理、监督等行政职能的争议，属于行政法律关系，典型的是特许经营协议内容本身的争议。根据《行政诉讼法》第12条规定：人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第11条第2款规定：公民、法人或者其他组织就下列行政协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理：（一）政府特许经营协议。因此，对于PPP争议中涉及政府特许经营协议的授予、收回，政府采购投诉，政府信息公开，项目规划许可，对项目公司的处罚，对项目公司征收补偿决定、收费标准的确定等争议的，因涉及相关行政审批和行政许可内容，属于行政争议。（2）内容上设定民事权利义务的，属于民事争议。对于PPP协议的履行、变更、解除等行为，体现了当事人平等、等价协商一致的合意，其内容不受单方行政行为强制，合同内容包括了具体的权利义务及违约责任，属于民事法律关系的范围，当事人就此可以提起仲裁，也可以提起民事诉讼。常见的包括土地使用权的取得、项目产权的归属、项目收益的分配、项目公司融资、项目担保、工程建设、项目收益权抵押、项目回购、税费负担、违约责任等。
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