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2. NAMD在window下的安装 -NAMD在window下的安装,NAMD—ScalaleMolecularDyamic是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学软件。但是,NAMD不是通过etu直接安装的,它是使用CMD命令调用。下面是NAMD的安装过程。
3. linux上namd使用教程,NAMD自学笔记 适用于初学者_李烤..._CSDN博客linux上namd使用教程,NAMD自学笔记 适用于初学者 你好,请问一个问题,我在周期边界条件下minimize开始两步的VDW都是无穷大,从第三步开始才开始降低,100步是降到5w多,其他一些值也有无穷大的。但是,log文件里面并没有报错,这个结果有...
4. NAMD - Scalable Molecular DynamicsNAMD is a parallel molecular dynamics code for large biomolecular systems. NAMD is free with source code.
5. NAMD入门教程(一) 南京廖华打开命令行,用cd命令改换目录到NAMD所在的目录下(namd-tutorial/namd),输入: namd2 ../1-3-box/ubq_wb_eq.conf > ../1-3-box/ubq_wb_eq.log 动力学模拟应当在20min之内结束。 1...
6. [转载]NAMD硬件利用率分析(Xeon-Scalable 8180和8 GTX/opt/namd/namd-multicore +p56 +setcpuaffinity +idlepoll +devices 0,1,2,3,4,5,6,7 stmv.namd +devices后面列出了运行用到的GPU。上面的命令行就开启了8块GPU。本次会依次测试1块到8块GPU的性能表现。
7. NAMD自由能计算教程—1、用eABF和metaNAMD 2.14b1及后续版本中边界力常数的设置方法 expandBoundaries选项 目前几大MD软件当中，Gromacs的中文...
8. NAMD入门教程(一) 下文中为了叙述方便,我们将默认读者的NAMD主程序位于./namd-tutorial/NAMD 目录中(安装VMD程序时可以安装到任意目录,不影响教程操作)。此外,本教程还需要一系列教程文件。所需文件均可以从 http:/www.ks.uiuc.e 9、du/Training/...
9. 如何优雅地完成蛋白质的动力学模拟-NAMD -请自行前往NAMD网站,注册下载X86_64-multicore-CUDA 版本的免安装直接使用的包。并点击下载网址复制,备用,注意不是下载,是复制备用。 该软件对所有人免费 所需版本 我们将使用colab 或者 百度人工智能AI studio提供的免费GPU来进行NAMD的...
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