现有立法并未明确PPP与特许经营两者之间的关系。有人认为PPP等同于特许经营，应将二者合二为一；也有人认为“特许经营办法”和“政府购买服务办法”形成了“姊妹篇”，PPP包含特许经营和政府购买服务；还有人按照欧盟2014年《特许经营合同授予程序指令》列明的PPP和特许经营的关系，认为特许经营不能等同于PPP，它“只是PPP的一种特殊形式”。
由于PPP与特许经营的关系模糊，在项目的实践操作中，出现了三种不同的做法：一是基于立法部门不同、名称不同，将PPP与特许经营完全割裂开来；二是基于两者太接近，索性将二者混同使用，用哪一个都可以；三是根据有利原则，选择性适用，哪个对己有利适用于哪个；在合同适用方面，财政部财金〔2014〕156号和发改委发改投资〔2014〕2724号也都在2014年12月份下发了“项目合同指南”，适用者有时不知如何适用。
探讨PPP与特许经营的关系，不能忽视这两个概念的起源。众所周知，PPP起源于英国。从法律体系上讲，英国属于英美法系国家，法律传统是典型的判例法。PPP在英国的兴起源自于20世纪70年代，新公共管理运动带来了基础设施领域的放松政府管制和私有化运动，PPP成为政府新公共管理改革的方向和策略。政府特许经营也存在，但只是PPP的一种形式。
通过上述有关PPP和特许经营起源及其法律制度的分析，笔者认为，在我国的PPP和特许经营现行法律框架内，广义的特许经营和PPP既有交叉，又有区别。特许经营有商业特许经营，也有政府特许经营；即便不考虑商业特许经营（非政府特许），政府特许经营的范畴也有大于PPP的部分。
（一）政府特许经营的范畴大于PPP的部分：
1、特许经营的事项。政府特许经营的事项，不仅包括公共领域的基础设施和公用事业（公共服务）领域，还包括政府负责运营和管理的其他经营性、半经营性领域的设施建设和服务提供。例如地方政府通过平台公司、国有独资公司经营的竞争性、半竞争性领域的产业（如出租汽车运营），可以通过特许经营的方式授权给非政府方经营管理。其实我国房地产开发就是一种经营性领域的特许经营：政府特许房地产开发公司开发政府具有所有权的土地（特许房地产开发公司土地使用权和房屋建设权），并有一定经营的期限（70年）。而PPP模式中，政府与社会资本合作的事项只能是“基础设施和公共服务”领域。
2、特许经营之特许对象。按照《基础设施和公用事业特许经营管理办法》，被授予特许经营权的主体不仅包括企业法人，还包括事业单位法人、社会团体法人和其他组织，严格来讲甚至包括授权主体以外的其他政府部门；而PPP模式中政府的合作主体只能是“已建立现代企业制度的境内外企业法人”。
相反，PPP的范畴也有大于特许经营的部分。
（二）PPP的范畴大于特许经营的部分：
1、在主体之合作方式上，特许经营应仅限于协议方式合作，而不包括股权合作。依据有两个，一是发改委“2724号文”把PPP界定为“通过特许经营、购买服务、股权合作等方式”的公私合作，把特许经营与股权合作相区分和并列，也就是说特许经营没有涉及股权合作，这一点在早期的BOT模式特许经营项目中有充分的体现；二是国际上对于PPP的类型分类，一般都包括合资（JV—Joint Venture）和特许经营这两种方式，因此可以认为这两种方式是并列且没有交叉的。而PPP则无疑包括股权合作方式。
2、在付费来源上，特许经营应该限定为使用者付费或主要付费来源于使用者付费。同样是发改委“2724号文”，将特许经营和（政府）购买服务相区分和并列，意味着特许经营的付费来源应主要来源于使用者付费；即便有部分政府付费，也应以使用者付费为主（笔者认为应超过50%），政府付费为辅。
3、在法律适用和法律救济上，特许经营应适用行政法律体系和行政法律合同，救济措施适用行政诉讼法和行政复议法。一是因为我国在法律传统上属于大陆法系，与德国、法国一样，普遍使用成文法，特许经营也与德、法类似适用行政法律体系；二是与我国现行法律规定一致。《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第五十一条规定：“对特许经营者认为行政机关作出的具体行政行为侵犯其合法权益的，有陈述、申辩的权利，并可以依法提起行政复议或者行政诉讼。”而PPP无论是英美法系国家的判例，还是财政部2016年初发布并征求意见的《政府和社会资本合作法（征求意见稿）》，在争议解决方式上，都倾向于“民事诉讼或仲裁”。
4、在投融资特点上，特许经营更多地强调特许经营者的自主经营，自负盈亏，融资方式通常是无追索权或有限追索的项目融资。国内知名PPP学者王守清教授在《公私合作(PPP)和特许经营等相关概念辨析》一文中阐述了特许经营与项目融资的密切关系，认为基础设施和公共服务领域的PPP项目“一般多是项目融资，而这些项目往往都需要政府的特许授权”，而这类项目融资又是没有追索权或有限追索的狭义项目融资。特许经营本身的使用者付费的回报方式也决定了其融资方式以有限追索的项目融资为主。而PPP由于回报方式包括了政府付费，且当前入库的项目中多数回报方式为政府付费和可行性缺口补助， 因此PPP融资很多并非是无追索权或有限追索的项目融资，依靠政府付费的政府信用进行融资，实质上有限追索的项目融资有一定的区别。
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