一般来说，PPP项目付费有三种情况，分别是使用者付费、政府付费、可行性缺口补助。
目前，纳入财政部PPP综合信息平台项目库的项目数量为6997个，总投资规模81322亿元。根据财政部PPP中心数据，在6697个PPP项目中，使用者付费项目3338个，投资需求3.4万亿元，分别占总项目数和总投资需求的47.7%和42.3%；政府付费项目2000个，投资需求1.8万亿元，分别占28.6%和21.9%;可行性缺口补助项目1659个，投资需求2.9万亿元，分别占23.7%和35.8%。
在所有PPP项目中，使用者付费PPP项目数量和投资需求占比接近50%。使用者付费成为PPP项目的主要应用领域。使用者付费不会增加政府债务，地方政府积极性高，项目审核通过率也高。但PPP项目建设运营的均为公共基础设施，公益性是基本特征，运作过程中需防止将项目的“公益性”变成“经营性”。如当前我国的公路收费模式，依据《公路法》，我国的收费公路被分为政府还贷公路和经营性公路。而经营性公路由政府向国有公路公司授予特许权，由其向银行贷款，同时向使用者收费偿还债务，并获得盈利，属收费特许模式。因国有公路公司的贷款不列入公共财政资金账户，因此其融资不会在政府财政资金中体现，不会直接增加公共债务。由于经营性公司资金来源、税收负担、经营管理者效率等因素，导致经营性公路的使用者负担非常重，经营性公路基本丧失公益性。根据某省的统计，截至2013年12月31日，该省有收费公路7262公里，其中政府还贷公路3142公里，经营性公路4120公里。该省收费公路债务余额为1533.9亿元。其中，政府还贷公路384.1亿元，经营性公路1149.8亿元。经营性公路与政府还贷公路里程相近（1:1.32），但负债远高于政府还贷公路（1:2.99）， 其融资成本是政府还贷公路的近三倍。我国经营性公路由国有公路经营公司管理，一旦经营性公路无法偿还贷款，仍需由政府用税收承担最终责任。因此，前述债务余额可全部视为政府债务。这些债务最终得由使用者（纳税人）承担。中国公路建设繁荣的背后，是债台高筑的政府和赚得盆满钵满的公路经营公司。社会大众并未享受其中红利，使用者（纳税人）反而成为“债务人”。PPP项目中的“使用者付费”因其实际运作过程中的各方并没有直接的经济压力，反而有机会可以获取经济利益，在利益驱动下，极易形成经营性公路的运作结果。因此，在PPP项目实施过程中，采取“使用者付费”需要更加注重操作过程中的信息公开、透明，广泛征求社会公众（付费者）的意见，并避免使用“特许收费”模式，而采用“按绩效付费”模式，防止公共基础设施“公益性”变质。
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