PPP项目公司的收入是投资人收回投资并获得投资回报的最重要现金流来源。在常规的投资项目中，通过销售产品获得收入是最常见的盈利模式。但对于PPP项目来说，由于项目形式多样，项目的公益性及可经营性程度不一，因此其收入来源（收入方式）与收入金额也呈现出多样性。
国家发展改革委《关于开展政府和社会资本方合作的指导意见》(发改投资【2014】2724号)根据项目是否有收益及收益是否实现投资成本的全覆盖，将PPP项目划分为经营性、准经营性和非经营性三类。
具体来说，经营性PPP项目一般都有收费机制，这类项目可以通过市场化运作的手段，采用“使用者付费”模式实现投资人的投资回报。所谓“使用者付费”，是指由最终消费用户直接付费购买公共产品和服务。项目公司直接从最终用户处收取费用，以回收项目的建设和运营成本并获得合理收益。
准经营性PPP项目一般具有很强的公益性，这类项目也能通过“使用者付费”获得一定收入，但通常使用者付费数额不足以满足项目公司成本回收和合理回报的现实，需要由政府通过优惠政策或适当的财政补贴等措施以维持其正常运行。对于这部分PPP项目。投资人的投资回报一般通过“使用者付费”加政府的“可行性缺口补助”模式实现。
而非经营性PPP项目完全是公益性项目，不具备收费机制，这类项目一般直接采用“政府付费”的模式，即政府直接付费购买公共产品和服务，使投资人能收回投资并获取合理的回报。在具体的操作中，“政府付费”模式又有多种方式或不同的名义，详见下文。
无论采用什么样的方式或名义，政府的财政支付对于项目公司而言就是收入。因此，在PPP项目中，投资人通过项目公司，以使用者付费、政府可行性缺口补贴及政府付费的模式获得收入，实现自己的投资回报。
在PPP项目的交易结构中，投资人获得收益的方式，也称为PPP项目的“回报机制”。
无论采用什么样的方式或名义，政府的财政支付对于项目公司而言就是收入，因此，在PPP项目中，投资人通过项目公司，以使用者付费、政府可行性缺口补贴及政府付费的模式获得收入，实现自己的投资回报。
在PPP项目的交易结构中，投资人获得收益的方式，也称为PPP项目的“回报机制”。
二、经营性PPP项目的收入
经营性PPP项目具有明确的收费基础，并且经营性收费能够完全覆盖投资成本，这类项目一般通过政府授予特许经营权，采用BOT、BOOT等模式运作，这类项目中，典型的有高速公路、收费公路等。
经营性PPP项目的收入来源主要为使用者付费。项目公司直接从最终用户收取费用，以回收项目的建设和运营成本并获得合理收益。在此类付费项目中，项目公司一般会承担全部或者大部分的项目需求风险。
以高速公路为例，
项目公司收入=使用者付费
=（总的)车流量×车辆通行费率
在PPP项目的准备阶段，在编制实施方案和做财政承受能力论证时，政府方与社会资本方均需对未来项目公司的收入进行预测。车流量的预测基础之一是可行性研究报告中的相关研究结论；车辆通行费率的预测基础则是同类道路现行的车辆通行收费标准，以及未来的调价预期。
但是，既然是预测，就难免存在预测情况不能实现的风险，或超过当前预测结果的暴利。因此，在PPP项目合同中，合作各方往往对超过一定承受限度的风险，提出某些解决办法，或设计某些补偿措施；而对可能出现的超预期收益，则设计一些超额收益分享机制。
例如，政府在项目合同中向投资人提供最低车流量担保，一旦实际车流量低于担保的最低车流量时，政府按照车流量缺口（车流量缺口=担保最低车流量-实际车流量）向投资人支付补贴，从而将增加政府的财政支付数额。而当未来的车流量远超预期，致使投资人的收益率超过合理收益水平较多时，则政府按一定比例分享超额收益。
无论是项目公司未来的收入预测，还是最低车流量担保设置或超额收益分享机制的合理设计，所有这些均需通过项目的财务评价模型测算。当财务测算结果超过任一方的可接受度时，双方将重新修测算条件，直至最后达成一致。财务测算条件也就是双方将在PPP项目合同中约定的合作条件。
在经营性PPP项目的财务评价中，有营业收入、税金与附加、增值税（销项税额、进项税额）等的估算。
需要说明的是，根据相关法律和政策规定，政府可能对于某些项目实行政府定价或者政府指导价，如果按照该政府定价或政府指导价无法保障项目公司回收成本并获得合理收益，则无法适用使用者付费机制，但可以考虑采用可行性缺口补助机制。此时，经营性PPP项目就转变为准经营性PPP项目。
汇总；PPP项目划分为三类；即为经营性、准经营性和非经营性PPP项目。对于经营性项目一般政府授予特许经营权，采用BOT、BOOT等模式。（如高速公路和收费公路）。经营性PPP项目的收入来源的方式有：
1、采用使用者付费时，在PPP项目合同中合作双方往往对超过一定承受限度的风险，提出某些解决办法，或设计某些补偿措施支付补贴（如政府提供最低车流量担保）；对可能出现的超预期收益，则设计一些超额收益分享机制（政府按一定比例分享超额收益）。
2、采用政府定价或政府指导价无法保障项目公司回收成本并获得合理收益，则无法适用使用者付费机制，但可以考虑采用可行性缺口补助机制。此时经营性项目就转变成为准经营性 PPP项目。
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