1、只设立 PPP 母基金，而不另设 PPP 子基金
PPP 基金一般由政府(通常是财政部门)发起，政府委托政府出资平台与银行、保险等金融机构以及其他出资人共同出资，政府作为劣后级出资人，金融机构与其他出资人作为优先级出资人。PPP 基金的管理人可以由 PPP 基金公司(公司制)或 PPP 基金有限合伙企业(有限合伙制)自任，也可另行委托基金管理人管理基金资产。
2、既设 PPP 母基金，也设 PPP 子基金，子基金出资不仅出自母基金
首先由省级政府发起设立 PPP 母基金，母基金出资人为省政府出资平台、金融机构和其他出资人，一般省政府只出资其中一小部分，基金出资主要来自于银行、保险、信托等金融机构，有时深耕某个行业的实体公司也会参与。母基金规模通常不会很大，而是通过小比例投资多个由当地政府(市、县级政府)发起成立的 PPP 子基金，起到引导 PPP 项目投向的作用。「山西省改善城市人居环境 PPP 投资引导基金」就是这种实例。
3、既设 PPP 母基金，也设 PPP 子基金，子基金出资全部出自母基金
与第二种交易结构不同，虽然都成立 PPP 母子基金，但在该种模式下，PPP 母基金的总规模等于各子基金规模的总和，即各子基金的出资全额来自母基金。而且在某种情况下，政府可能对每个子基金分别委托基金管理机构，而不是由某个基金管理机构全权负责 PPP 母基金旗下的所有子基金。比如，「江苏省 PPP 融资支持基金」就是这种情形，母基金规模 100 亿，每 20 亿设立一个子基金，共设立五个子基金，并分别选择五家基金管理机构。
PPP 基金主要有，投资入股 PPP 项目公司、给 PPP 项目公司提供债权融资及「投贷结合」三种投资模式。许多 PPP 项目都设有最低资本金比例要求，因此 PPP 基金通过投资入股的形式，可以充实 PPP 项目资本金、缓解地方政府财政压力，优化各方投资风险。除了项目资本金之外，PPP 项目总投资主要还是依靠债务融资解决，债务融资比例一般在 70% 左右。
在目前宏观经济不景气大背景下，银行放贷越来越谨慎，因此 PPP 基金亦可通过债权的形式给 PPP 项目提供资金支持。当然，对于某些特别重要的 PPP 项目，可适当提高支持力度，采取「投贷结合」的模式给该类 PPP 项目提供足够的融资支持。
PPP 基金的回报机制与投资模式息息相关。实行股权投资的项目，按股权的比例享有收益；实行债权投入或以固定回报注入资本金方式的项目，按约定的固定回报率获取收益，该固定回报率以同期人民币贷款基准利率上浮一定幅度设置上限。
前文已经提到，PPP 基金一般都采用优先劣后的结构化设计，政府作为劣后级出资人，其他出资人作为优先级出资人。基金出资人的回报机制采取固定收益加浮动收益的方式，按年分配，基金每年所得收益，首先用于分配优先级出资人的固定回报。收益超过优先级出资人的固定回报部分，作为浮动收益分配，优先级与劣后级出资人可按一定比例分配(劣后级投资人占大头)。
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