收益水平是PPP项目中政企双方博弈的重要内容，往往也是PPP项目风险分配结果的体现，项目的收益水平要与社会资本承担的风险相匹配，这是普遍被大家所接受的投资基本规则。
现实中体现收益水平高低的指标多而杂，有 “投资回报率”、“投资收益率”、“年度合理利润率”、“合理利润率”、“折现率”、“资本金收益率”、“内部收益率”等诸多。其中有些指标是计算政府付费依据的指标（如投资回报率等），有些指标是综合反应项目（或主体）实际收益水平的指标（如内部收益率等），这些指标普遍出现在目前的PPP方案和合同中，由于缺乏对这些收益指标统一定义和认识，大家对指标理解上的差异也阻碍了项目的推进，导致项目的真实收益水平不透明。
一、付费机制的选择
在谈PPP的收益指标之前，有必要先了解下PPP的付费机制， PPP的付费（或补贴或收费）应该与社会资本提供的公共产品数量和质量正相关，但公共产品千差万别，像污水垃圾处理、供气供水等项目通过计量设备可以计算处理或供应量，像高速公路、图书馆、植物园等项目与外界隔离后按服务对象的数量计量，但像市政道路、园林景观、内河治理等项目的属于开放系统，无法将服务对象分离计量，往往都是按照项目设施的可用性付费。当然，也存在很多项目即使可以分离服务对象，也按照可用性付费方式的，像轨道交通项目就有按照可用性服务费扣减票款收入进行补贴付费的，至于实际采用哪种付费机制要视项目具体交易结构和特点而定，这里只做一般性分析。
二、不同付费机制的差异
社会资本投资PPP项目都是希望获利的，对社会资本来讲必须要实现投入产出平衡，若项目本身无法实现财务自偿，就需要政府进行付费（或补贴）使得社会资本的投入有回收的路径，不管上述哪种回报机制最终都体现为现金流入，污水垃圾处理项目的补贴单价和处理量之积为当期现金流入，高速公路项目的收费单价和车流量之积为当期现金流入，市政道路的可用性付费为当期现金流入，这三种类型的回报机制最终都体现现金流。
但在风险分担上，这三种类型的回报机制有较大不同，前两种类型项目的补贴单价（或收费单价）在招标投标阶段已确定，这类项目补贴单价（或收费单价）通常与建设成本和市场状况没有直接关联，建设风险和市场风险由社会资本承担，至于社会资本能够获得收益的多寡，则需要通过成本控制、效益提升等来实现，较好实现了激励相容，这也是为什么该类型项目始终被鼓励支持的缘由。按可用性付费的项目在实践走偏了，可用性付费额为建设成本加上融资成本和合理收益，以往可用性付费仅和建设竣工相关联，但之后财金92号文要求建设成本的30%与绩效考核挂钩，财金10号文更是要求建立完全的绩效考核机制，就是对该类项目的纠偏，该种回报机制，建设成本控制风险实际由政府方承担，建设成本都会作为可用性付费的基数，而且建设成本越高，社会资本的收益越大，无法体现激励原则，这也是为什么该类项目一直被诟病的原因。
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