1、只设立PPP母基金，而不另设PPP子基金。
PPP基金一般由政府(通常是财政部门)发起，政府委托政府出资平台与银行、保险等金融机构以及其他出资人共同出资，政府作为劣后级出资人，金融机构与其他出资人作为优先级出资人。PPP基金的管理人可以由PPP基金公司(公司制)或PPP基金有限合伙企业(有限合伙制)自任，也可另行委托基金管理人管理基金资产。
2、既设PPP母基金，也设PPP子基金，子基金出资不仅出自母基金。
首先由省级政府发起设立PPP母基金，母基金出资人为省政府出资平台、金融机构和其他出资人，一般省政府只出资其中一小部分，基金出资主要来自于银行、保险、信托等金融机构，有时深耕某个行业的实体公司也会参与。母基金规模通常不会很大，而是通过小比例投资多个由当地政府(市、县级政府)发起成立的PPP 子基金，起到引导PPP项目投向的作用。“山西省改善城市人居环境PPP投资引导基金”就是这种实例。
3、既设PPP母基金，也设PPP子基金，子基金出资全部出自母基金
与第二种交易结构不同，虽然都成立PPP母子基金，但在该种模式下，PPP母基金的总规模等于各子基金规模的总和，即各子基金的出资全额来自母基金。而且在某种情况下，政府可能对每个子基金分别委托基金管理机构，而不是由某个基金管理机构全权负责PPP母基金旗下的所有子基金。比如，“江苏省PPP融资支持基金”就是这种情形，母基金规模100亿，每 20亿设立一个子基金，共设立五个子基金，并分别选择五家基金管理机构。
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