根据上文引述的25号令第7条的规定可知，国务院各行政主管部门按照各自职责负责各自领域基础设施和公用事业特许经营的监督管理工作，而县级以上地方政府的各行业行政主管部门负责具体特许经营项目的实施和监督管理工作。这就意味着从法规层面上而言，上级政府行业主管部门有权对对口的下级政府行业主管部门管的特许经营项目予以监管。
在具体的监管方式上，我们认为上级政府对下级政府可以有宏观和微观两个层面的监管措施。宏观上从上级政府对下级政府执行特许经营项目情况纳入政府绩效考核范围这一角度予以监管；微观上从特许经营者就侵犯其特许经营权利的具体行政行为提出行政复议从而由上级政府审查并纠错这一角度予以监管。
上级政府将下级政府执行特许经营项目情况纳入政府绩效考核已经在部分省级PPP政策性文件中有所体现。例如，辽宁省人民政府于2015年发布的《关于推广运用政府和社会资本合作模式的实施意见》（辽政发[2015]37号）就提出省政府将把PPP模式推广运营情况纳入对各市政府的绩效考核范围。虽然该项规定仅有简单的一句话表述，但已经提供了一种可行的对下级政府执行包括特许经营在内的PPP项目的尝试。我们理解，如果下级政府不能切实履行特许经营协议导致特许经营项目无法正常推进和实施，可考虑根据具体情况下调其对下级政府的财政转移支付。
《行政复议法》第6条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关侵犯其合法的经营自主权的，可以申请行政复议。第12条规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。我们认为，如果在特许经营项目选定特许经营者或项目实施过程中，因项目实施机构具体行政行为导致对投标人或特许经营者合法权益造成侵害的，可以通过向上一级主管行政部门或同级政府申请行政复议的方式对侵权行政行为进行审查和纠错，这本质上也是一种上级政府对下级政府的具体监管措施，只不过这是一种被动的监管方式而已。
当然，为了完善特许经营项目实施机制，上级政府对下级政府的具体监管手段可以不仅限于上述两种监管方式。例如，要求下级政府的特许经营项目必须向上级政府进行备案；上级政府有权不定期抽查和评估下级政府实施的特许经营项目，对抽查中发现的政府方违规行为予以处罚；设立社会公众监督和举报机制，让包括特许经营者在内的各界主体可以通过专门渠道反映项目实施中出现的政府违规行为。
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