项目清算退出是指产业投资基金资金投入到PPP项目公司后，在项目投资公司完成项目任务（或阶段性投资任务后）后，通过项目投资公司清算（或注册资本减少）的方式，返还产业投资基金应当获取的股权收益，实现投资的退出。
1、破产清算。破产清算是参股投资子基金（直投项目）因不能清偿到期债务，政府出资依照破产法相关程序进行清算后退出。
2、结算清算。解散清算是指参股投资子基金（直投项目）按照章程协议约定的解散事由出现或被责令终止，政府出资按法定程序清产核资后退出。
非清算方式
1、约定回购。约定回购是指在基金投资项目前，各投资主体即书面商定，基金到期后由某一方主体履行回购义务，回购基金持有的股权并清偿债权（股东借款）。回购主体可以是政府方投资公司，也可以是运营该项目的社会资本，还可以是其他第三方。约定回购是目前产业基金参与PPP项目的最主要退出途径，也是金融机构能够认可的方式。其实具有回购能力的主体提前签署约定回购协议，对金融机构来说也是一种“强增信”。
2、IPO上市和上市公司并购。这种模式是针对有稳定现金流，且项目本身或其所拥有的资源有巨大想象空间。例如经济发达地区的城市轨道交通项目（既有稳定现金流，又有土地资源）、5A级景区项目（现金流稳定又有题材），等等。不过PPP项目多数不具有这些优势，因此上市和被并购的案例较少。
3、资产证券化（ABS）。资产证券化，是约定回购之外的主要退出渠道，其实上述IPO上市和上市公司并购也属于资产证券化。这里的ABS，是指将已进入运营期且现金流稳定的未来现金流资产，由证券公司或商业银行进行证券化，在资本市场发行，由投资人进行投资，回收现金后用以回购基金持有的股权和债权，实现基金的退出。ABS同样需要现金流充足的项目，至少现金流可以覆盖证券化融资利息，且ABS一般在运营期中期或以后启动，因此能否满足产业基金的退出要求，还有一定不确定性；也正是因为如此，产业基金通常会要求政府或社会资本方提供证券化前的阶段性担保，或回购承诺，以确保证券化失败后可以顺利退出。
4、长期资本回购。主要是指具有公益性质或战略投资性质的长期投资人，回购产业基金持有的股权。这种回购也属于上述第三方回购，但通常是在基金退出后期才进行商定，在基金投资前一般并无长期资本提前介入。
笔者认为，上述的债务置换型基金，未来可能会成为PPP产业基金的退出途径之一，即PPP产业基金到期前，如其他退出方式均不可行，地方政府可以与其他金融机构发起债务置换基金，回购到期产业基金，实质是延长产业基金的存续期限，使其期限与项目运营期限匹配。
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