BOT/PPP项目往往都是投资金额巨大、社会影响广泛、建设经营周期长的固定资产投资项目，由于有了私营部门的参与，其财务评价要与一般项目的财务评价区别对待，具体应注意：（1）计算期不同。对于私营部门而言，财务评价的计算期是从项目启动到项目特许期结束，且在特许期结束后，一般并没有所谓的资产回收。而对于公共部门而言，财务评价的计算期有两个：一是从项目启动到项目不能再提供产品或服务（如拆除）时的经济寿命期，评价项目在整个经济寿命期内的财务情况；二是从项目移交后到项目经济寿命期结束，作为计算公共部门利益的财务评价指标；（2）特许权协议直接影响各参与者的收益和风险。BOT/PPP项目的财务分析也需要预测项目提供的产品或服务的价格、市场需求量、通货膨胀率、利率、税率、汇率等因素的变动，与其他项目不同的是，由于在特许权协议中会对以上因素做出一些特殊约定，这些约定直接影响各方的收益和风险。（3）项目受益人多。BOT/PPP项目的一个主要特点是项目的参与者多，意味着项目的受益方也多，为达到多赢的目的，财务评价结果必需能够体现主要参与者的受益情况。
基于上述与一般项目财务评价的不同，BOT/PPP项目财务评价指标应包括：（1）公共部门评价指标：如自偿率（SLR）反映公共部门的财务负担、项目移交后的净现值（NPVT1，T1表示项目移交到项目经济寿命期结束之间的时间长度）表示公共部门的收益、资金价值（VFM）表示运用资金的效率；（2）私营部门评价指标：如净现值（NPVT0，T0表示特许期长度，下同）、内部收益率（IRRT0）反映了私营部门的收益；（3）放贷方评价指标：如债务偿付率（DSCR）、利息保障倍数（TIE）反映借款方还本付息的能力。
BOT/PPP项目合同关系复杂，影响项目现金流的因素较多，决策者在进行财务评价的时候往往希望了解财务评价指标为某一特定值的概率，因此可以借用金融领域常用的风险价值概念，应用基于置信水平的BOT/PPP项目财务评价方法，即在给定的置信水平下，分别从公共部门、私营部门和放贷方的角度分别评价项目的财务可行性，具体的指标计算方法如下表所示。
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