项目回报机制指的是项目收入的来源方式，决定了社会投资者的回报方式及稳定性，是PPP项目运作成功的关键。公立医院经营的目标是向社会提供基本的医疗服务，满足人民群众基本的医疗需求，社会效益是其活动的准则，医院盈利的分配，只能用于医院的发展，如改善就医环境、购置仪器设备等，医院的所有者和工作人员不得从盈利中获取利益。因此，社会资本投资公立医院，其营利方式受到较大的限制。所以，社会资本一般并不通过提供医疗服务直接盈利，其投资回报主要是通过医院产业链管理、配套资源开发与运营等方式实现。
公立医院PPP项目的回报机制，具体而言，总结起来主要有以下几种：
在公立医院PPP项目中，项目公司承担医院项目的融资和建造等工作，项目建成后，由医院租赁使用建设项目，项目公司负责项目的日常维护工作。同时，项目公司通过医院支付的租金回收项目投入成本并获得合理的回报。
通过规模化增加溢价能力，按供应商议定的价格购买药品、器械及耗材，然后按政府设定的招标价转售给医院，赚取差价。
包括整合餐饮、金融、保险等上下游服务获得部分收入。
此举需要考虑对应的作为资源补偿的部分其用地获得风险，虽根据《国务院关于促进健康服务业发展的若干意见》（国发〔2013〕40号）规定：对于非营利性健康服务业用地供给，…不符合划拨用地目录的，可采取协议出让方式办理用地手续。即使是协议方式出让土地，如果产生两个或两个以上意向用地者的，则根据《协议出让国有土地使用权规定》，依然需要采取招拍挂的方式进行出让，尽管实践操作中通常会以带宗地规划方案的方式进行出让，但仅作友情提醒。
在这种方式中，投资者通过医院周边设施的开发和运营等方式，从而获得投资回报。具体而言，又可分为以下三种类型。第一，设立专科医院，比如骨科医院、口腔医院、心脏病医院等，这种类型的医院其盈利结构比较单一，大多通过所提供的专项优质服务获取更强盈利能力。第二，设立专门医院，比如妇幼保健医院、高端医院和高端私人诊所等，主要通过非治疗性环节提供增值服务的方式创造价值。第三，社会投资者通过医院周边地产开发、商业设施运营等方式，从而获得投资回报。
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