PPP项目一般由社会资本与政府指定国有资本出资人合资成立项目公司(有限责任公司），项目公司对开发项目一般采取BOT运作方式，政府与社会资本商定特许经营范围。特许经营期止，项目公司将项目移交政府或政府指定机构。政府与项目公司会签订投资合作协议，运营期间政府按约定补贴标准、时间给予运营补贴。
那么，该运营补贴在税收上如何处理？根据财税[2011]70号文规定，财政补贴符合三个条件的可作为不征税收入处理。项目公司一般希望运营补贴作为免税收入处理，但目前税收政策上对PPP项目基本原则还是维持税收中性的原则，并未给予单独税收优惠政策。一方面，PPP项目主要还是以公共基础设施等领域居多，而现行税收政策体系对公共基础设施和公共服务领域已经给予了一系列优惠政策，如，财税[2008]46号文，于2008年1月1日后经批准的公共基础设施项目，其投资经营的所得，自该项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。当然，部分人士认为对财政补贴进行征税，相当于地方财政补贴部分进入中央财政，不利于PPP项目推进。这种观点也未必正确，因为政府补贴的资金是要求投入到项目上并形成成本费用的，至多是一个时间差的问题。
二、资产转移时税收处理
PPP项目特许经营期止，项目公司将项目移交政府或政府指定机构。此时，部分固定资产未计提完折旧，在项目公司账面仍进行核算，部分移交资产虽然账面无资产净值，但仍具有市场价值。项目公司将项目移交给政府或政府指定机构时如何进行税收政策处理？财税[2016]36号文规定资产无偿转让行为需视同销售交纳增值税，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。问题焦点在于企业所得税，《企业所得税法实施条例》第二十五条规定，对于非货币性资产捐赠、赞助等行为需视同销售。同时，如果作为捐赠处理，税前扣除存在票据形式和限额扣除问题。我们认为，为鼓励PPP项目推行，可以与政府部门签订象征性的转让对价，税收征管中也应认同其具有合理的商业目的，允许相应的资产损失在税前扣除。
项目运营过程中，纳税人较为重视年度企业所得税汇算清缴工作，但对于经营性财产行为税往往重视不够，或认为项目是与政府合作的而忽视相关税收规定，从而带来税收风险。由于PPP项目在运营过程中，一般均成立项目公司，项目公司一方面取得政府许可运营公益性资产，另一方面通过支付土地出让金取得土地使用权。对于公益性资产，项目公司通过园林绿化投入提升观赏性等社会功能，此类资产公司账面作为公益性生物资产入账；对于取得土地使用权而在此基础上建造经营性资产，项目公司作为房屋建筑物、构筑物等进行核算。
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