PPP项目因多是民生工程或短期效益比较低的项目，这使得许多企业“算不过账”。正因不同于传统模式，PPP项目在过程中需要政府的资助和政策的支持。大多数PPP项目会存在补助和回报，具体方式可根据实施方案和相关政策文件来研判。
补助比较简洁明了，是很明确的帮助性资金。补助可以是给予SPV公司的一笔专项贷款，也可能是政府资方放弃分红，总之是针对该项目特有的。
回报方式通常可分为两大类，一类称为“使用者付费”，即运营阶段盈亏自负。这种项目风险极大，因为PPP项目本质上是为了解决政府举债的问题，“使用者付费”则是将所有举债压力全交由市场来消化，存在很大的不确定性，对项目的运营是一个极大的考验。另一类则也是“补助”，分为缺口补贴和纯补贴，其对应的项目类型会有所不同。“纯补贴”项目多为公益项目，无法通过市场运营使项目自身产生效益，比如河道整治、公路改造等。而“缺口补贴”则是政府为维持项目正常运营，在使用者付费的基础上加以托底，确保项目公司在运营阶段有长期稳定且可预见的现金流而做的补助。
1、补助
一般地，政府给予项目公司的补助有专项贷款等，但这视各地情况而论，有些也不会直接写入实施方案，但会在前期政府谈判时获得信息。在绝大多数情况下补助是一把双刃剑。以政府的专项低息贷款为例，这极有可能在后期计算回报方式的时候在投资基数上扣除这笔费用，因而导致后期运营回报减少。亦有可能政府将自己不拿分红的股本视作一种补助，在投资基数中予以扣除。具体详见项目的补贴计算公式的注释。
2、回报方式
回报方式是指项目的主要运营盈利方式。从投资角度来说，这个计算回报的公式都是基于“已知现值求年金公式”，或在其基础上变形。实施方案中有大量的篇幅对回报方式进行测算，尤其是“使用者付费”的项目。但单纯“使用者付费”的PPP项目几乎没有，都是搭配缺口补贴的模式。不过无论是纯补贴还是缺口补贴，本质都是在运营期间有一笔稳定现金流。这两类补贴在各个方案中的名称可能不尽相同，比如有的方案中称为“建设成本投资回报”，但本质就是“纯补贴”。
缺口补贴是在运营期间“使用者付费”未达到预计收益的情况下，政府为其补齐至预期收益的一种回报方式。这两类在测算时是相同的，即都按当期补贴金额作为预计回报计取，若运营方十分有信心仅通过“使用者付费”就超过这个预计收益，那么“缺口补贴”就不存在了，测算企业可通过实施方案中的各类运营收益进行各自测算，或直接使用上面的数据。但作为施工民企的评估，不能按照运营方的实力来测算，仅按政府补贴计取即可。这个补贴水平会直接影响到后期股权的利润分配，所以建议以补贴视作为运营收入，以做保守测算。
每个实施方案都会将补贴的计算公式和其公式含义说清楚，其主要的重点在于计算公式中的P（投资额），投资额的计取方式因项目而异，绝大多数是以总投资额计取，但也有部分如上文所述会扣除政府投资、专项贷款等。
例如下图为某康养项目实施方案内运营期回报计算公式：
该公式中，将政府投资视作一种补助，即将未来的补贴在建设期内预支了，故须扣除后才为社会资本方的实际投资额。这类项目的投资回报会低于其他同类项目，因为本质上总投资体量所建成的运营规模是不变的，但补助却减少了一块。遇到这样的公式更需要明确回报是否“算得过账”。必须考虑政府的平台公司是否参与分红等其他因素，以确定这一块扣除所带来的影响。
该公式内的i是合理利润率，在5年基准利率的基础上，上下浮一个百分比，即为项目的合理利润。是竞标时的核心指标之一，在测算时应尽可能按自身实际情况计取。施工民企若非牵头方，在测算时可根据牵头方意见进行确定，该指标不影响施工前期利润，但影响项目的回收期、利润分配等后期的股权收益。
若自身为牵头方，比较合理的思路是首先大致确定一个i进行测算，一般可按上浮30%左右开始。若整套测算做下来，须下切的利润率无法达到施工预计利润点时，则逐步提高。若下切利润率良好，则可稍稍降低。整个测算过程需多次动态调整。
这里顺带一提财政部的2015年21号文。提出一个回报公式如下：
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