在PPP模式的推广应用中，最常见的两个概念是PPP和BOT。有关方面对这两个概念进行了各种层面的解读，主要是从合作模式、交易环节、权利和义务的配置、风险和效益的分配等角度来解读二者之间的区别和联系。事实上，PPP和BOT在操作模式上，都没有固定的标准化结构模板，从上述角度理解二者之间的关系，往往难以分清。
我们认为，二者的区别主要体现在其项目运作的理念存在明显不同。BOT 就其字面含义而言，主要强调的是项目能否建成（B）、能否进行有效运营（O）、能否顺利移交（T），强调的是项目周期不同阶段的具体活动，PPP则强调在合作主体之间能否构成一个可持续性的合作伙伴关系。我们认为，如果在BOT的项目运作结构设计中充分考虑了有关参与各方的权利义务关系、风险和利益分担机制、构建了具有可持续合作伙伴关系的项目架构，那么这样的BOT就是PPP。
否则，如果在BOT运作结构设计中，仅考虑项目运作各阶段的活动，而不考虑这些活动背后所蕴藏的各种关系如何建立，BOT项目的未来实施就可能带来一系列的风险和不确定性因素，导致项目运作失败，这就是PPP所竭力避免的。
在基础设施和公共事业领域引入市场化手段进行投资建设，最早出现的是BOT概念，已有30多年历史。PPP理念是上世纪末在国际上出现，并迅速得到世界各国及国际组织的认可和推广使用。PPP强调的是项目运作的一种理念，这种构建合作伙伴关系的理念，要通过BOT等具体项目操作模式来实现，但不体现可持续合作伙伴关系的BOT就不是PPP。
政府和社会资本合作，可以采用购买服务、特许经营和股权合作等模式进行，每一类模式又可以采用多种项目运作方式。如购买服务可以采用委托运营、管理合同及租赁合同等方式进行，特许经营则可以采用BOT、BOOT、BOO、TOT、ROT、DBFO等多种项目组织模式，股权合作可采用基金注资、资本金注入、股权投资等不同方式。
工程项目建设涉及的因素十分复杂。在过去30多年的应用过程中，人们对特许经营的BOT模式总结出几十种演变形式，以适应各种类型工程项目运用的实际需要。
在基础设施和公共事业领域构建政府和社会资本合作伙伴关系，需要处理政策设计、建设规划、投资机会研究、预可行性研究、可行性研究、咨询评估、招投标、施工准备、工程建设、项目管理、工程试运营、建成移交、实施监测、后评价等一系列复杂活动，不仅涉及因素复杂，而且合作周期要求很长，面临的不确定性因素十分复杂，需要经验丰富的专业团队进行系统性的研究策划，才能制定出能够满足可持续性要求的政府和社会资本合作实施方案，往往难度很大。
我国当前处于经济转轨时期，受到体制机制及任期责任考核等多种因素的影响，在基础设施和社会事业工程项目建设领域，各级政府部门本质上更愿意接受的是传统的BOT理念，而不是PPP理念。
过去几年来全国各地普遍采用BT模式来运作基础设施和社会事业项目，这种模式的突出特点，就是由项目施工单位利用自有资金或通过银行贷款融资等方式筹集项目建设资金，通过招投标等途径获得当地政府的项目建设施工合同，对项目进行工程建设并获利。项目完工后根据工程造价及一定的回报水平，把项目转交给当地政府，这种建设和移交（BT）的模式，显然是属于BOT系列模式的类型之一。
但是，BT模式不属于PPP模式范畴，因为BT模式没有构筑一个当地政府和项目实施主体之间的长期合作伙伴关系。项目建成后，施工单位按照一定的对价将工程转交给地方政府，同时移交过去的还有项目运营期的各种风险，贷款本金和利息的偿还责任以及其他各种责任和义务，并最终由当地政府来承担。
从这个意义上讲，难以寻找一个格式化的PPP模式的操作范本，在不同项目中进行简单套用。在我国推广运用PPP模式的过程中，我们发现各地喜欢将BOT项目的合同模板直接套用到PPP项目中，甚至将20年前我国推广运用BOT模式中所使用的项目合同模板简单套用到当前的PPP试点项目之中，使得针对拟建项目PPP模式的特定的专业研究严重缺乏，所提供的是一种低质的、粗犷的咨询服务。
如果以这种方式开展PPP项目的专业咨询服务，将会使得我国的PPP项目专业咨询严重走偏，不利于提供以客户增值为导向的、有价值的PPP专业咨询服务。
国家发展改革部门是我国推广运用BOT模式的最早参与者、主导者、推动和倡导者。《国务院关于创新重点领域投融资机制鼓励社会投资的指导意见》（国发〔2014〕60号）要求在公共服务、资源环境、生态保护、基础设施等领域，积极推广PPP模式，规范选择项目合作伙伴，引入社会资本，增强公共产品供给能力。
《国家发展改革委关于开展政府和社会资本合作的指导意见》（发改投资〔2014〕2724号）要求建立健全政府和社会资本合作的工作机制，包括健全协调机制、明确实施主体、建立联审机制、规范价格管理和提升专业能力。
《基础设施和公用事业特许经营管理办法》（国家发展改革委令第25号）则要求政府采用竞争方式依法授权法人或者其他组织，通过协议明确权利义务和风险分担，约定其在一定期限和范围内投资建设运营基础设施和公用事业并获得收益，提供公共产品或者公共服务。
相关文件的核心目的，就是强调要通过引入社会资本参与基础设施和社会事业领域投资建设，来深化投融资体制改革，创新体制机制。事实上，只有进行体制机制的改革创新，才能使PPP模式所倡导的项目运作理念在我国真正落地。
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