从笔者最近两年在多个城市做PPP咨询项目、在“PPP产业大讲堂”授课的经历来看，此补贴公式在实践中争议很大，表现在：
1、部分政府人员及“专家”只认可财政部补贴公式，不认可其他补贴公式。
目前，核算政府补贴时，PPP咨询市场上的主流方式是采用现金流量表方式，非经营性项目简单一些，直接用等额本息法（PMT公式）算出全资本（不含政府出资部分）每年的还款额，再加上每年维护费即可。大的咨询公司早已基本不用财政部21号文的政府补贴公式。但在一些PPP做的比较少的地区，政府、咨询公司对PPP业务不熟悉，出现了“只认文件”的现象，甚至有“专家”找出21号文件，说：文件说的很清楚：“遵照执行”，不是“参照执行”。为此，笔者只能反复解释：“此公式目前不是主流。。。。。。”，但对方难以理解，想不通：财政部发的文件不执行，那我们执行什么文件？
2、按此公式核算录入数据时出现理解错误
21号文公式中，“项目建设成本*（1+合理利润率）”，其实就是总投资（不含政府出资部分），由政府分期偿还，政府补贴现值之和必然等于“项目建设成本*（1+合理利润率）”。21号文公式“项目建设成本*（1+合理利润率）”的本意，是适用于政府能核算出项目成本的项目，再加上合理利润（一般取8%）就是总收入，因为“收入=成本*（1+合理利润率）”。但此公式与PPP市场脱节，因为PPP项目招标时，中标价是包含利润率的，“合理利润率”根本不存在。从笔者接触的几十个ppp项目来看，没有一个项目是政府确定成本后，再加8%利润的，都是招标价格直接包含利润。例如政府要修一条路，不会先招标确定成本价，再根据成本价加8%利润。一些咨询公司在按21号文公式核算时，机械照抄，将项目总投资理解为公式中的“项目建设成本”，再乘以（1+合理利润率），相当于政府多支付了8%。政府PPP中心对此不专业，也就糊里糊涂的付款了。例如，总投资10亿元，政府分10年还款，如果将10亿元作为“项目建设成本”，再乘以1.08，政府实际付款（历年现值之和）为10.8亿元，多付了0.8亿元。笔者参与的一个项目，社会资本（某私企）强烈要求按21号文公式计算，就是因为咨询公司按21号文公式计算时总投资乘以了（1+合理利润率），也可按“等额本息法”计算。私企老板不懂计算原理，但通过对比计算结果，发现按21号文公式计算，政府要多付费8%。
其他的错误，比较多的是将“折现率”和“合理利润率”混淆，将N从建设期就开始计算，等等。这些是概念性错误，在此不再详述。
从笔者最近两年PPP财务测算的经历来看，政府缺口补贴公式按“21号文公式”和“等额本息法”（“现金流量法”的最普遍形式），各有利弊。
“21号文公式”不能说是错误的，但确实是不符合PPP市场实情的。其最大的特点是对政府极为有利，还款额逐年指数级（1+折现率）增加，与政府财力逐年增加（财力增长率一般高于折现率）的趋势相适应，所以财政占比是逐年下降的，最不容易突破“累计支出占比10%”的红线。但其对社会资本极为不利，特别是项目需几年才能达产的项目（例如供暖项目、旅游项目），运营前两年的政府补贴可能仅够（甚至不够）偿还银行利息，极大影响了社会资本参与PPP项目的信心，导致项目难落地。根据笔者的经验，当项目运营期为18年时，按“21号文公式” 政府第一年还款就仅能偿还当年银行利息，更别说还本了。一般来说，银行对还贷都有个底线：当年还款额不能低于上年利息额，否则利息未还完继续计利息，对银行来说就是高风险客户。
“等额本息法”目前是PPP咨询财务测算的主流方式。一是因为目前银行还贷的主流模式是“等额本息法”，类似贷款买房，每月还款额一致。政府补贴模式与之相同，这样项目运营期各年度内社会资本收入政府补贴、支出银行贷款的差额是稳定不变的；二是因为目前PPP市场内很多咨询公司是工程咨询公司，来自工程领域对DCF模型很熟悉，DCF模型最简单的算法就是按“等额本息法”核算的，用熟悉了就自然用于PPP测算了。
对于PPP市场上出现的这两种公式之争议，笔者建议：如果项目是10年之内的非经营性项目（例如道路、城市亮化），央企承担（不太计较运营前几年业绩），用“21号文公式”影响不大。其他项目应该通过“现金流量表”按“等额本息法”去测算。笔者写实施方案测算补贴时，综合考虑了这两种方式的特点，加以改进：先在现金流量表里，按稍高的收益率（例如本应7%，按7.2%）算出每年政府补贴额，再减少运营前两三年的政府补贴额（后一年要比前一年高X，X为财力增长率），使其收益率下降（例如从7.2%下降到7%）。这样操作，社会资本认为仅运营前两三年政府补贴稍低所以可以接受；也满足了政府“本期任内财政补贴少”及“已做PPP项目一般公共预算支出不突破10%红线”的要求，能留出财力空间上更多PPP项目。
由于“21号文公式”在实践中引起了诸多问题，本人建议财政部PPP中心能够发文，至少出面解释一下：一是“项目建设成本*（1+合理利润率）”就是项目总投资额（不含政府出的部分），或取消“合理利润率”的表述；二是其他公式也可参考采用。这样可以避免PPP业内关于21号文补贴公式的争论继续上演、消耗政府及咨询公司精力，也有利于维护财政部发文的权威性。
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