补贴模式及其测算，是城市轨道交通PPP项目中最核心、也是最难把握的问题。
——协议票价法，或者影子票价法。
通过协商手段，计算出一个理论上的合理票价作为协议票价，这个价格比实际价格要高，实际价格与协议票价的差价需要补贴。不足在于，政府的补贴与项目的实际资金需求是脱节的。众所周知，在轨道交通项目中，开始运营阶段客流相对不足，政府按照协议票价法补贴也相对较少，但是这时候从项目本身来说，由于资金压力、特别是因贷款产生的还本付息压力最大，因此恰恰是最需要进行补贴的时期，政府补贴额度不能满足项目的实际需求。
——车公里运营服务费。
这种模式有利于节约成本，但项目总是要考虑投入和产出两方面，要考核其利润或收益，仅仅考核成本显然是不足的。更重要的是，轨道交通项目运行成本构成复杂，车公里成本究竟多少合理，不同城市不同运营商差异也很大，难以有一个统一标准。
——《政府和社会资本合作项目财政承受能力论证指引》（简称“财政部21号文”）提出的补贴通用公式。
好处在于，公式比较简单，同时按照这一个公式计算的各年补贴也相对平稳。但这种模式与协议调价法一样，不能准确反映轨道交通项目资金投入特点，与项目实际的现金流缺口是脱节的。
基于现金流补贴模式主要可以分为两部分：
其一，项目可行性缺口补贴（简称“GAP”）。
其二，社会投资人合理补贴（简称“ROS”）。其主要是指社会投资人合理回报补贴。社会资本回报率一般是指社会资本的内部收益率。对于轨道交通项目，在收益分配时常常是同股不同权，因此其回报率一般是指社会资本方内部收益率而不是项目资本金内部收益率。
社会资本方在较长时间内几乎无利润可分。在这种情况下，我们设置的社会资本方的回报，不是指项目的实际利润，而是前面所说的项目财务计划性流量表中的经营活动净现金流。
轨道交通项目投资和融资活动的净现金流是相对固定的，考核PPP项目经营业绩主要应看其经营活动净现金流。由此提出，当PPP项目经营活动净现金流出现正值时，即经营现金流入大于流出，社会资本方就可以获得回报。
在社会资本方现金流量表中，现金流出主要是社会资本方的资本金投入。各年的现金流入减现金流出，可以得到社会资本方各年的投资净现金流，从而获得社会资本方内部收益率。通过调整PPP项目经营活动净现金流的分配比例，使其满足社会资本方要求的最低回报率。
基于现金流的补贴共有两个目标：一是满足财务现金流量表各年累计净现金流不出现负值，二是满足社会资本方的最低内部收益率。
可以设计预付机制。按照社会资本方的实际资本金投入情况，在项目初期按照一定的资金成本利率提前给予社会资本方适当补偿，让其提前获得一定比例的回报。在整个项目生命周期，保持社会资本方一个相对合理的回报率，并提前给社会资本方一定比例的回报，这种设计一方面减少了后期财政补贴支出压力，另一个方面激励社会资本方提升管理，改善经营活动净现金流。
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