项目实施机构是政府或政府指定的相关机构担任，在政府授权范围内负责具体PPP项目的准备、采购、监管和移交等工作的主体；是平等参与具体PPP项目，与社会资本协商、谈判，建立合作关系的主体；是PPP项目中重要的参与主体。项目实施机构一般是在项目完成识别后，在进行项目准备阶段初期成立。
在PPP项目中，政府方有两个主体是直接参与者，一是作为政府有关职能部门或事业单位作为PPP项目的实施机构，二是履行政府方出资职能的出资代表。实施机构与中选的社会资本方签订经政府批准后生效的《PPP项目合同》，成为PPP项目的主要监管主体，政府方出资代表机构与社会资本方通过签订《发起协议》或《出资协议》共同组建特殊目项目公司（SPV），成为项目公司的股东，依照《公司法》的规定行使股东权利和义务。
实施机构的担任主体
政府、政府指定的有关职能部门和事业单位可以作为项目实施机构。但是，关于行业运营公司、其他机构和单位能否担任项目实施主体，各部委的规定不一致，实践中也不尽相同。财政部和发改委的法规文件对实施机构担任主体的规定不一致。
1、按照财政部的规定，只有政府、政府指定的有关职能部门和事业单位可以作为项目实施机构。2014年11月财政部印发《政府和社会资本合作模式操作指南》第十条：政府或其指定的有关职能部门或事业单位可作为项目实施机构，负责项目准备、采购、监管和移交等工作。”据此规定，有三类主体可以作为PPP项目实施机构：一是政府；二是政府指定的有关职能部门；三是政府指定的事业单位。
2、发改委则认为行业运营公司或其他相关机构也可以作为项目实施机构。发改委于2014年12月发布《国家发改委关于开展政府和社会资本合作的指导意见》，规定：“明确实施主体。按照地方政府的相关要求，明确相应的行业管理部门、事业单位、行业运营公司或其他相关机构，作为政府授权的项目实施机构，在授权范围内负责PPP项目的前期评估论证、实施方案编制、合作伙伴选择、项目合同签订、项目组织实施以及合作期满移交等工作”。
3、《基础设施和公用事业特许经营管理办法》则规定县级以上政府可以授权有关部门或单位作为实施机构。《基础设施和公用事业特许经营管理办法》由国家发展和改革委员会、财政部、住房和城乡建设部、交通运输部、水利部、中国人民银行六部委于2015年4月发布，是目前关于PPP项目实施机构的法律效力最高的规定，其十四条规定：“县级以上人民政府应当授权有关部门或单位作为实施机构负责特许经营项目有关实施工作，并明确具体授权范围。”按照通常理解，此处的“单位”不仅包含事业单位，还包括国有企业等其他相关单位。
4、实务中，主要的争议集中于行业运营公司、其他相关机构、其他单位能否为项目实施机构。
各地方的国有企业、政府平台公司、国有控股企业都在争抢成为PPP项目的实施机构。这些企业在PPP项目实践中积累了不少经验，有的国有企业还是PPP项目所在行业的龙头企业、行业运营公司，应该有能力担任PPP项目的实施机构。其次，国有企业、政府平台公司、国有控股企业在不能以社会资本的身份参与本级政府辖区内的PPP项目时，并不愿意放弃参与PPP项目，都在寻求不同的途径参与PPP项目，以获得利益。以项目实施机构的身份参与PPP项目，是上述企业参与PPP项目的途径之一。
同时，各地方政府在授权或指定实施机构时，操作也不一致。
有的地方政府则是取财政部、发改委关于实施机构主体规定的交集，认为只有政府、政府指定的有关职能部门和事业单位能作为实施机构。PPP模式是政府和社会资本合作，政府是PPP模式中不可缺少的参与方，按照通常理解，政府是国家公共行政权力的象征、承载体和实际行为体，项目实施机构是具体PPP项目中的政府方，按照这一逻辑，国有企业、政府平台公司不能成为PPP模式中的项目实施机构。
有的地方政府取财政部、发改委关于实施机构主体规定的合集，认为政府、政府指定的有关职能部门和事业单位、行业运营公司或其他相关机构、有关部门或单位都可以担任PPP项目的实施机构。实施机构在PPP项目中的角色类似又不同于采购代理机构在政府采购中的角色，实施机构必须在政府授权下才能开展相应活动。因此，实施机构在PPP项目实施中仅仅为代表政府一方，只要有政府授权则可，不一定必须要政府本身参与。
根据国情，国有企业、政府平台公司在很多领域都享有一定的特别权力，大量基础设施项目都是由其牵头完成，其担任PPP项目实施机构也是可行的。而且，由于实施PPP项目利益不大而责任重大，政府部门和事业单位担任PPP项目实施机构的积极性不高，往往政府部门更愿意让国有企业、政府平台公司担任PPP项目实施机构。
实施机构的职责
根据相关规定，实施机构的职责主要有：在政府授权范围内负责项目准备、项目采购、项目合同签订、项目监管和移交等工作。
在项目准备阶段，项目实施机构组织编制项目实施方案，并按程序报相关部门审核。
在项目采购阶段，项目实施机构负责PPP项目的采购工作。实施机构要按照PPP项目采购的程序进行资格预审，编制项目采购文件并发布，组织评审小组进行响应性文件评审，与候选社会资本进行项目合同确认谈判，中选社会资本签署确认谈判备忘录，与中选社会资本签署项目合同等。
项目移交时，项目实施机构或政府指定的其他机构代表政府收回项目合同约定的项目资产。采用有偿移交的，项目合同中应明确约定补偿方案；没有约定或约定不明的，项目实施机构应按照“恢复相同经济地位”原则拟定补偿方案，报政府审核同意后实施。项目实施机构或政府指定的其他机构应组建项目移交工作组，根据项目合同约定与社会资本或项目公司确认移交情形和补偿方式，制定资产评估和性能测试方案。
根据财政部、国家发改委关于政府和社会资本合作（PPP）的相关文件规定，并结合本人参与PPP项目的具体实践，作为PPP项目中实施机构的主要权利和义务应当包括：
主要权利
（一）对社会资本方及项目公司履行有关法律法规规章和《PPP项目合同》的义务进行监督和管理，包括对项目公司的财务状况、经营成果进行跟踪检查。
（二）对社会资本方及项目公司的投融资、设计、建设、运营、维护及移交进行全程监管，如发现与《PPP项目合同》存在不相符的，应责成社会资本方及项目公司限期予以纠正或采取其他措施。
（三）按照《PPP项目合同》约定，支付运营费用与考核结果挂钩，实施机构有权依据项目运营考核结果，综合确定政府的付费金额。
（四）在《PPP项目合同》约定的合作经营期满时，实施机构或政府指定的机构有权无偿取得PPP项目的资产及权益。
（五）有权按照《PPP项目合同》约定提取社会资本方的投标保证金或建设履约保函，以及运营维护保函、移交维修保函项下的款项。
（六）在社会资本方或项目公司违约时，有权提前终止或中止PPP项目的经营权、解除PPP项目合同，并依据《PPP项目合同》的约定获得补偿或赔偿。
（七）行使《PPP项目合同》约定的其他相关权利。
主要义务
（一）有义务在《PPP项目合同》签订后将涉及的政府支付义务列入政府中长期财政预算，并报同级人大常委会审议批准。
（二）协助社会资本方或项目公司协调其与相关政府部门的关系，确保项目前期工作（立项、可行性研究、规划、环评、征地拆迁等）及其审批手续按《PPP项目合同》约定的时间完成，并按照工程进度计划向项目公司提供项目工程施工场地。
（三）按协调与有关方面的关系及项目所在地与工程有关的各级部门的关系，照《PPP项目合同》，确保项目实施过程中的建设用地、通电、通路、通水等同步配套工作的有效实施，并配合社会资本方或PPP项目公司获得实施建设过程中所需的法律文件、管理权、建设许可、施工许可以及建设授权、税费减免等批准。
（四）确保项目公司的经营权在整个项目合作期内始终持续有效，并有义务维护项目公司享有的经营权的完整性和独占性。
（五）在项目竣工验收后，有义务按照《PPP项目合同》约定，协调政府包括财政等部门在内的机构按期足额向项目公司支付相关费用。
（六）有义务积极配合项目公司协调与工程相关各方以及当地群众的关系，为工程建设创造良好的外部环境，并依据适用法律和《PPP项目合同》约定对项目公司进行监督检查时，不应不合理地干预项目设施的正常管理、运营与维护。
（七）根据《PPP项目合同》约定接受项目相关资料。
（八）法律、法规及《PPP项目合同》约定的的其他义务。
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