作为准经营性项目，轨道交通PPP项目建设投资额常达到数百亿元，还需要较高的运维成本和长时间的投资回收期。如果只是依靠经营收入，难以满足项目公司的盈利需求，
因此政府一般采用可行性缺口补助形式提供价格补贴。
项目公司还可质押预期收益，以此作为增信措施，获得金融机构的贷款。
因此，项目公司的收入主要来自于：
以票务收入和商业经营收入为主要来源的使用者付费
以及政府补贴
其中不同的PPP项目适用不同的补贴模式，轨道交通PPP项目主要有三种补贴模式：
一、车公里补贴模式
“车公里”是指列车的运营里程。车公里数补贴模式即在一定时间内，以所有列车运行公里数的总和作为计量基础的补贴。
车公里数表现了轨道交通给社会公众提供的服务数量，并不能代表给乘客带来的服务数量，按车公里数补贴是政府根据为公众社会提供的公共交通运输服务量提供的财政补贴。
这种模式的补贴计算公式为：
年度政府补贴额 =
约定车公里数×约定车公里服务费价格-年度基准票务收入-年度基准非票业务收入+车公里变动差异调整+专项补贴调整额。
补贴额与车公里数成正相关，车公里数又具有固定的运营标准，不会受客流量的变动而变动。因此，此种模式的补贴额预测更加准确，便于政府规划中长期预算安排。但由于影响车公里单价的因素较多，调整灵活性相对较差，落地项目少，实际运行情况尚待检验。
二．客流量补贴模式
“客流量”是指列车运输乘客数量，按客流量补贴即是以客流量为计量基础的补贴。
客流量补贴模式又称为影子票价补贴模式，以项目公司和使用者的交易量及约定票价为基础
具体的补贴计算公式为：
政府补贴 =
实际客流量×（约定平均人次票价收入水平-实际平均人次票价收入水平）+客流风险分担
特许经营合同中会约定客流量偏差，即在一定合理限度内的浮动范围。
1
当实际客流量少于预测客流量下限时，其基准客流量与实际客流量差值部分的票务收入由政府承担；
2
当实际客流量高于预测客流量上限时，超过部分的票务收入由双方共享。
不同于车公里数，客流量与轨道交通提供的运营服务质量密切相关，服务质量越好，客流量将会越大，可以激励项目公司不断改善服务质量，并且这种模式应用时间长，项目实践多，模式相对成熟，相对而言财政支出现值较低。但是客流量的不稳定和难以预测的特性，导致补贴额会有较大的波动，增加了招商和谈判的成本。
。
。
三、财政部21号文中补贴模式
依据2015年4月财政部发布的《政府和社会资本合作项目财政承受能力论证指引》（财金[2015]21号）
该模式补贴支出应当根据项目的
建设成本
运营成本
利润水平
合理确定，并按照不同付费模式分别测算。
计算公式为：
当年运营补贴支出数额 =
[项目全部建设成本×(1+合理利润率)×(1+年度折现率)n/财政运营补贴周期(年)] +年度运营成本×(1+合理利润率)-当年使用者付费数额
（其中： n代表折现年数，财政运营补贴周期指财政提供运营补贴的年数）
21号文颁布的公式主要为各类PPP项目计算财政可承受能力时提供参考，可以根据具体项目的特点进行适当的调整。
此模式的计量基础为建设成本与年度运营成本。
优点：
这种模式补贴调整更为灵活，可最大限度依据当年实际的相关参数进行调整，调整时间及时、操作简单；
并且可以在招标时从各参数上体现竞争性。
缺点：
项目公司收益还受其它许多因素影响，包括：项目建设期长短、追加投资与更新改造支出等，考虑的并不全面。
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