PPP项目合同中合作关系条款主要包括合作内容、合作期限、排他性约定、履约担保。
政府和社会资本双方主体在合同中关于合作内容的约定应尽可能细致、具体，尽管发改委发布的合同指南对合作内容有相关规定，但具体到某个项目时实际上非常复杂，条款的设计需要考虑诸多方面，专业性较强，需要精心设计。
就合作内容的具体内容，根据发改委的合同指南规定，合同双方可将项目范围、政府提供的条件、社会资本主体承担的任务、回报方式、项目资产权属、土地获取和使用权利6项内容纳入合作内容条款中。不过由于各项目之间的差异性，该合同指南不能将所有项目合作内容包罗，故除该6项内容，在具体设计项目合同内容条款时，合同双方可根据项目实际情况增减相应内容。
二、合作期限
一般而言，PPP项目的合作期限早在项目前期论证阶段就基本确定了，且该期限是综合考虑政府所需要的公共产品或服务的供给期间、项目资产的经济生命周期以及重要的整修时点、项目资产的技术生命周期、项目的投资回收期、项目设计和建设期间的长短、财政承受能力、现行法律法规关于项目合作期限的规定等情况进行评估后所得，一般而言事后不会轻易改变，且很多时候政府还将该期限作为选择社会资本的一个重要指标。不过实际操作中影响该期限的因素较多，例如还要考虑设立项目公司、相关权力机关审批时间、提前终止等因素对该期限的影响，因此对该期限的准确把握对合同双方都至关重要。根据财政部的合同指南的规定，设置合作期限的基本的原则是，项目合作期限可以实现物有所值的目标并且形成对项目公司的有效激励。
实践中常有以下两种合作期限约定方式：
1.约定一个固定合作期限
就合作期限的长短，目前并无法律及行政法规层面的强制性规定，现行可查的相关规定有：
《关于组织开展第三批政府和社会资本合作示范项目申报筛选工作的通知》（财金函【2016】47号）规定：“三、合作期限原则上不低于10年。”
《基础设施和公用事业特许经营管理办法》（以下简称《特营办法》）第六条规定：“基础设施和公用事业特许经营期限应当根据行业特点、所提供公共产品或服务需求、项目生命周期、投资回收期等综合因素确定，最长不超过30年。对于投资规模大、回报周期长的基础设施和公用事业特许经营项目（以下简称特许经营项目）可以由政府或者其授权部门与特许经营者根据项目实际情况，约定超过前款规定的特许经营期限。”
《关于印发政府和社会资本合作模式操作指南（试行）的通知 》（财金【2014】113号）附件2名词解释规定了ppp项目不同模式的合同期限：“管理合同（MC）合同期限一般不超过3年；委托运营（O&M）合同期限一般不超过8年；建设-运营-移交（BOT）、转让-运营-移交（TOT）、改建-运营-移交（ROT）合同期限一般为20-30年。
2.分节点约定合作期限
分节点约定合作期限，所谓的节点可分建设期、运营期、维护期等期间，这种合作期限约定方式较前一种期限约定方式灵活，可将不同期间出现期限延误等因素所带来的不利后果进行隔离，这样当一个节点出现问题时，将不会影响其他节点。
注意事项：
（1）30年并非合作期限的上限
根据《特营办法》第六条的规定对于投资规模大、回报周期长的项目，合作期限可超过30年。
（2）合作期限非绝对不变，双方可约定延长事由
PPP项目周期的长期性及复杂性，政府方出现违约的情况时有发生，如继而影响到合作期限，项目公司可要求延长合作期限。对于延长合作期限的事由政府和项目公司通常会在合同谈判时商定，基本的原则是： 在法律允许的范围内， 对于项目合作期限内发生的非项目公司应当承担的风险而导致项目公司损失的情形下，项目公司可以请求延长项目合作期限。 常见的延期事由包括：
1. 因政府方违约导致项目公司延误履行其义务；
2. 因发生政府方应承担的风险（关于通常由政府方承担的风险，请见本章第一节）导致项目公司延误履行其义务；
3. 经双方合意且在合同中约定的其他事由。
三、排他性约定
所谓排他性约定是指政府在项目合作期限内不会就该 PPP 项目合同项下的全部或部分内容与其他任何一方合作。不过社会资本享有的这种排他性权利并非是一种当然享有的法定权利，而是一种约定权利，即有约定即享有，没有约定则不享有。
不过需要注意的是该种约定也是一把双刃剑，约定后，一旦社会资本不履行相应的合同义务，那么有可能会损害政府或社会公众的利益，例如轨道交通项目，如果社会资本不按合同约定设置票价，擅自调条价格，将会损害社会公众的利益。为防止社会资本此类行为的发生，政府可在合同中增加对应的责任条款，例如约定，如社会资本未按约定履行相应义务，政府不遵守排他性条款将不构成违约。
四、履约担保
（一）履约担保的责任主体
政府要求社会资本提供履约担保没有任何法律障碍，实践中存在问题较多的是社会资本能否要求政府提供履约担保？现行法律并没有禁止政府提供担保，只是保证形式类的担保是被禁止的。其实政府提供履约担保对于减少政府违约，减少社会资本投资风险具有非常重要的作用，但是实践中提供履约担保的很少，究其原因，一是因为政府本身负债较多，很少有资产可拿来提供担保，即使有，要用于担保，程序也很复杂。二是目前政府提供担保主要方式有承诺、使用量担保、回购等，不过这些方式含金量并不高，且许多法律限制，例如禁止政府出具固定投资回报的承诺，另外加上政府信用低，社会资本的权利很难得到保护。另对于政府提供担保的，社会资本一定要注意相关法律、法规的禁止性规定，防止政府担保无效的风险。
（二）履约担保的形式
对于社会资本而言包括履约保证金、银行保函、保证等方式，但在实践中最常见的是银行保函。依据财政部合同指南的规定， 保函是指金融机构（通常是银行）应申请人的请求，向第三方（即受益人）开立的一种书面信用担保凭证，用以保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由该金融机构代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。政府可根据项目实际情况，要求社会资本提供一个或多个保函（例如根据不同期间提供保函）。不过实践中社会资本要获取保函的难度还是很大的，主要在于PPP项目的长期性及风险大，因此银行即使同意出具保函，很多时候还是以社会资本向银行提供抵押或质押的结果。
（三）担保的数额限制
根据财政部下发的《关于印发<政府和社会资本合作项目采购管理办法>的通知》（财库【2014】215号 文）第二十一条的规定，履约保证金的数额不得超过PPP项目初始投资总额或者资产评估值的10%，无固定资产投资或者投资额不大的服务型PPP项目，履约保证金的数额不得超过平均6个月服务收入额。
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