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PPP合同管理对于运用PPP模式需要特别注意的问题包括以下六大方面：
一、主体稳定性问题
PPP项目的合作主体是政府与社会资本，由于项目周期与监管问题、市场风险与不可抗力因素等可能导致履约主体的能力变更或者主体退出，势必影响PPP合同的稳定性和执行力，国家发展改革委《关于开展政府和社会资本合作的指导意见》对此已有规定：“依托各类产权、股权交易市场，为社会资本提供多元化、规范化、市场化的退出渠道。”
在PPP合同内容与合同管理方面，必须对主体稳定性及相关问题作出明确约定。
二、政府债务问题
PPP项目通常包含政府对社会资本的长期付费承诺或因分担项目风险而产生的显性或隐性担保责任，尽管政府财政预算机制与政府资产负债管控措施日渐建立并开展，但并未有效建立，且存在政治风险无法避免的情况，PPP项目仍然可能突破财政承受能力而导致政府债务风险。在PPP合同中应当对实际履约能力作出明确的可执行的操作模式。
三、项目选择问题
PPP项目通常由政府发起，其对于PPP融资功能的依赖容易导致对项目前景过于乐观的估测，在风险分担的项目中社会资本页无足够动力对项目进行严谨的分析，从而导致项目选择的错误。此外，PPP项目的规划和筛选有可能受到腐败或政治利益考虑的影响。
四、有效竞争问题
公共资产和公共服务的提供通常具有排他性，在一些行业或领域存在垄断属性，导致PPP项目的竞争压力通常来自于社会资本准入阶段，但由于PPP类项目的多样性、复杂性和长期性特点，不同社会资本提供的价值、承担的风险和要求的回报难以在选择阶段进行有效的直接比较，政府无法通过现有的政府采购程序有效甄选出最具竞争力的社会资本方。
五、履约管理问题
当签署PPP项目协议后，政府和社会资本即进入项目履约阶段。一方面，由于履约阶段缺少竞争压力，政府在缺少相称资源和技能的情况下很难对社会资本的履约能力和履约情况进行有效监管；另一方面，由于缺乏有限的争议解决机制，在政府履约情况不佳时，社会资本也难以采取实际有效措施保护自身权益。
六、定纷止争机制问题
PPP模式不仅是一种项目融资方式，更是一种提高政府对整个社会资源管理效率的方式，具有投资额巨大、投资周期长、价格受监管、投资回报期长等特点，其合同内容的可执行性、项目实施的可控性、财物核算与纠纷解决机制非常重要，决定了项目运作的价值和成败。
PPP模式是基于完备合同下的契约精神，要求政府和社会资本应作为平等的合作双方，共同分配风险、分担责任和分享利益。PPP模式比较复杂，涉及到多方利益，协调利益分配是实施PPP项目的关键，PPP项目的核心是合同管理。
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