对于轨道交通PPP项目，对于其运营的主要财务问题，PPP服务机构需要注意如下几个方面：
1偿债风险问题
偿债风险指企业负债经营所导致不能偿还到期本息模式企业陷入严重困境乃至破产的可能性；在轨道交通运营方面，轨道交通企业大多面临负债经营的情况。随着城市轨道交通网络逐步形成，居民出行将主要依靠轨道交通，而目前轨道交通运营成本刚性特征明显，这是由其人工成本、电耗支出、折旧为主的成本结构所决定的。由于运营企业债务沉重，可能出现债务违约的情况，为此PPP服务机构应提前与企业沟通，了解经营状况，提前对可能的违约提出法律解决方案，最大限度减少债务违约风险。
2 对外投资风险问题
轨道交通运营企业由于负债率高，运营成本高，为优化债务结构，在运营过程中涉及对外的融资，包括银行贷款、保险资管、银行间债券、交易所公司债券资产证券化、发改委企业债、通过资本市场股权融资等方式，因此涉及众多法律问题和风险，PPP服务机构将根据国有企业的特点和企业财务需求，做好方案论证及风险防范工作。
3营运风险问题
营运过程中，对于交通运营性资产、商业经营性资产，可能根据运营情况进行处置，涉及财务资产的梳理和确权，进行审计、评估、审批、公开处置等，需由PPP服务机构做好资产的确权和方案的论证工作，保障公共资产处置公开透明。
4 交叉线路的收益分配问题
轨道交通沿线主要客流通道设置，按照目前规划，存在乘客出行进行换乘的情况，由于地铁及公交的角色分工，地铁与公交相互服务，换乘优惠的实施将会提高两个企业的自身利益盈利。但同时也涉及到轨道与公交对相关收入及配套设施的收入分配问题及站点外停车场的收入分配问题。PPP服务机构将协助运营单位，开展对转移性补偿可行性的论证及法律风险的控制。
6“营改增”对轨道交通税务问题影响分析
据财政部国家税务总局〔2016〕36号文件《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》，自2016年5月1日起，在某省全面推开营业税改征增值税试点，建筑业、房地产业、金融业、生活服务业等全部营业税纳税人，纳入试点范围。轨道交通企业属于交通运输企业，“营改增”改革已经对其税务问题产生了现实的影响。营改增后，税务的复杂性及政策的不确定性、不同办税人员对政策的理解不同等因素，均可能给轨道交通企业带来更大的税务风险。
7 “营改增”对轨道交通企业税种的影响
“营改增”前，根据经营范围，轨道交通企业所取得的收入涉及的主要税种：一是运营票务收入，涉及税种为营业税，税率为交通运输业的3％；二是资源开发等经营性收入（包含有形动产租赁），涉及税种为营业税，税率视具体业态而定，一般为5％。
轨道交通企业的税种转变为增值税为主、城市维护建设税、教育费以及地方教育费附加等附加税费为辅的情况。但是增值税可抵扣进项范围政策一直尚未有明确的界定，如对于建设过程中支付的勘察设计费、签证咨询费等项目是否进入增值税抵扣范围，都会对日常增值税认证工作带来一定难度。PPP服务机构要协助企业，积极联系税务机关，根据现行法律法规及政策文件，进行合理确认。
8 优惠政策与补贴问题
轨道交通的亏损一般分为政策性亏损与经营性亏损。建设部[2006]288号《关于优先发展城市公共交通若干经济政策的意见》要求城市公共交通必须实行低票价政策。因此，轨道交通企业的一般票务收入无法与成本支出相匹配，形成负债运营，负担较重。
目前某省对于轨道交通企业的政策补助及补贴主要采用按季预拨、年终审计的方式，而资金的主要来源是地铁发展专项资金。某地铁发展专项资金设立时间为2011年至2030年，某财政局负责人预计上述年度时间内某市地铁项目动态资金需求约1171亿元，而该资金的筹集规模将达到1371亿元。PPP服务机构将根据这些情况，协助运营单位积极争取政府支持，保障运营单位最大限度获取相关扶持与补贴。
但是，国外不乏由于基建建设投入超过地方财政负担能力，而不得不搁置的例子，比如伦敦地铁建设。
9 代征税的问题
轨道交通企业的税务风险主要来自两大部分，一部分是自身业务开展过程中生的税务风险，另一部分是代征相关施工企业各项税款时产生的税务风险。从实际情况看，代征相关 施工企业各项税款时产生的税务风险要更多，也更容易被忽视。由于与地铁公司合作的单位较多，导致税务管理事项多且复杂，在地下轨道的建设过程中，不仅仅需要开掘地下隧道，而且需要建造通风设施，安装通信和电路设施，同时还有大量的装修工程，这就需要同时跟很多单位签署合同，从而涉及很多税务事项的定性判断、税务处理、税款计算及申报缴纳， 税务风险产生的可能性大大增加。有时一些工程还会分级分类承包，同时与轨道交通企业合作的公司达到几十家，税务管理方面稍有松懈就会出现税务风险。
税务管理事项较为复杂的另一个重要原因，是委托代征的税款较多（部分轨道交通企业存在此类税务管理事项），地铁线路穿城而过，需要经过多个行政区域，分多个工程标段，不同的工程标段有不同的企业施工，参与地铁建设的企业就可能多打十几家，施工项目部可能多达几十个。一般情况下，各施工单位在各个行政区域产生的税款，应该各自到相应的行政区域去缴纳。在这种情况下，不仅税收征收点非常分散，也很容易产生税款的流失。
PPP服务机构将根据地点建设和运营过缓鞥中的税收风险，协助企业建立税务防控体系，控制税务风险。同时，协助企业掌握和理解相关的税收政策与法规性文件，确保准确适用。
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