政府付费指政府直接付费购买公共产品和服务。
在政府付费机制下，政府可以依据项目设施的可用性、产品或服务的使用量以及质量向项目公司付费。政府付费是公用设施类和公共服务类项目中较为常用的付费机制，在一些公共交通项目中也会采用这种机制。
政府付费是指由政府直接付费购买公共产品或服务，其与使用者付费的最大区别在于付费主体是政府、而非项目的最终使用者。
根据项目类型和风险分配方案的不同，政府付费机制下，政府通常会依据项目的可用性、使用量和绩效中的一个或多个要素的组合向项目公司付费。
(1)可用性付费(Availability Payment)是指政府依据项目公司所提供的项目设施或服务是否符合合同约定的标准和要求来付费。
(2)使用量付费(Usage Payment)，是指政府主要依据项目公司所提供的项目设施或服务的实际使用量来付费。在按使用量付费的项目中，项目的需求风险通常主要由项目公司承担。因此，在按使用量付费的项目中，项目公司通常需要对项目需求有较为乐观的预期或者有一定影响能力。实践中，污水处理、垃圾处理等部分公用设施项目较多地采用使用量付费。
(3)绩效付费(Performance Payment)是指政府依据项目公司所提供的公共产品或服务的质量付费，通常会与可用性付费或者使用量付费搭配使用。
使用者付费是指由最终消费用户直接付费购买公共产品和服务。
项目公司直接从最终用户处收取费用，由于在使用者付费项目中项目公司的成本回收和收益取得与项目的使用者实际需求量(即市场风险)直接挂钩，为确保PPP项目能够顺利获得融资支持和合理回报，建议项目公司在PPP项目合同中增加唯一性条款，即要求政府承诺在一定期限内不在项目附近批准新建与本项目有竞争的项目。
可行性缺口补贴(ViabilityGapFunding，简称VGF)，是指使用者付费不足以满足项目公司成本回收和合理回报时，由政府给予项目公司一定的经济补助，以弥补使用者付费之外的缺口部分。
可行性缺口补助是在政府付费机制与使用者付费机制之外的一种折衷选择。在我国实践中，可行性缺口补助的形式多种多样，包括土地划拨、投资入股、投资补助、优惠贷款、贷款贴息、放弃分红权、授予项目相关开发收益权等其中的一种或多种。
使用者付费不足以满足SPV成本回收和合理回报时，由政府以财政补贴、股本投入、优惠贷款和其他优惠政策等形式，给予SPV的经济补贴，一般表现为定期财政补贴方式。
根据财金[2015]21号文件相关规定，其常见的计算公式为：
当年运营补贴支出数额=[项目全部建设成本*(1+合理利润率)*(1+年度折现率)n/财政运营补贴周期(年)]+年度运营成本*(1+合理利润)-当年使用者付费数额
其中，n为折现年数。
财政运营补贴周期为财政提供运营补贴的年数。
合理利润率应以商业银行中长期贷款利率水平为基准，充分考虑可用性付费、使用量付费、绩效付费的不同情景，结合风险等因素确定。
在设置付费机制时，通常需要考虑以下因素：
(1)项目产出是否可计量。
PPP项目所提供的公共产品或服务的数量和质量是否可以准确计量，决定了其是否可以采用使用量付费和绩效付费方式。因此，在一些公用设施类和公共服务类PPP项目中，如供热、污水处理等，需要事先明确这类项目产出的数量和质量是否可以计量以及计量的方法和标准，并将上述方法和标准在PPP项目合同中加以明确。
(2)适当的激励。
付费机制应当能够保证项目公司获得合理的回报，以对项目公司形成适当、有效的激励，确保项目实施的效率和质量。
(3)灵活性。
鉴于PPP项目的期限通常很长，为了更好地应对项目实施过程中可能发生的各种情势变更，付费机制项下一般也需要设置一定的变更或调整机制。
(4)可融资性。
对于需要由项目公司进行融资的PPP项目，在设置付费机制时还需考虑该付费机制在融资上的可行性以及对融资方吸引力。
(5)财政承受能力。
在多数PPP项目、尤其是采用政府付费和可行性缺口补助机制的项目中，财政承受能力关系到项目公司能否按时足额地获得付费，因此需要事先对政府的财政承受能力进行评估。
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