在采用特许经营方式进行的PPP项目中，政府的利益冲突最主要体现在政府一方面作为项目监管主体而另一方面又作为项目合作方这种“既做裁判员又做运动员”的角色矛盾上。尤其是对于项目实施机构入股项目公司的情形，这种利益冲突会更为明显。
在财政部《PPP项目合同指南（试行）》第二条有关社会资本方的规定中，明确项目公司可以由政府和社会资本共同出资设立，但政府在项目公司中的持股比例应当低于50%，且不具有实际控制力及管理权。我们认为这一对政府方作为项目合作方时的股权比例限制和管理权限制的制度安排是具有合理性的。如果允许政府方在项目公司中作为大股东从而实际控制项目公司，直接影响和决定项目的运营决策，那么在政府方同时又作为项目监管者的情况下，社会资本方将很难在特许经营项目实施过程中有效地表达自己的合理诉求，其合法权益也将在很大程度上无法得到有效保障。
实际上，对特许经营项目而言，之所以将政府方的股东身份作出以上限制，目的在于对用户收费不足以弥补成本而需要可行性缺口补贴的项目，政府方入股项目公司可以视为一种政府以股权形式为社会资本方提供的补贴。由于这种股权出资仅仅是为了减轻社会资本方的投资成本而能确保其合理收益，因此不应使这种股权出资影响社会资本方对项目的运营管理，更不应导致模糊政府监管者的角色。
但是，即便《PPP项目合同指南（试行）》是出于上述以股权做补贴目的而要求将政府的股权比例限制在50%以下且无经营管理权，但政府毕竟是项目公司的股东之一，是项目的合作方，从这一角度看，也难以完全认定其与监管者角色的彻底隔离。
为最大程度地避免因政府出资入股项目公司导致与政府作为监管者角色的混乱，可以考虑未来特许经营法明确规定政府出资人只参与涉及某些公共利益的决策，不参与企业的具体经营，或者政府出资的目的仅在于以股权形式为社会资本方提供资金补贴。
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