一、只设立PPP母基金，而不另设PPP子基金。
PPP基金一般由政府(通常是财政部门)发起，政府委托政府出资平台与银行、保险等金融机构以及其他出资人共同出资，政府作为劣后级出资人，金融机构与其他出资人作为优先级出资人。PPP基金的管理人可以由PPP基金公司(公司制)或PPP基金有限合伙企业(有限合伙制)自任，也可另行委托基金管理人管理基金资产。
二、既设PPP母基金，也设PPP子基金，子基金出资不仅出自母基金。
首先由省级政府发起设立PPP母基金，母基金出资人为省政府出资平台、金融机构和其他出资人，一般省政府只出资其中一小部分，基金出资主要来自于银行、保险、信托等金融机构，有时深耕某个行业的实体公司也会参与。母基金规模通常不会很大，而是通过小比例投资多个由当地政府(市、县级政府) 发起成立的PPP 子基金，起到引导PPP项目投向的作用。
三、既设PPP母基金，也设PPP子基金，子基金出资全部出自母基金。
与第二种交易结构不同，虽然都成立PPP母子基金，但在该种模式下，PPP 母基金的总规模等于各子基金规模的总和，即各子基金的出资全额来自母基金。而且在某种情况下，政府可能对每个子基金分别委托基金管理机构，而不是由某个基金管理机构全权负责PPP母基金旗下的所有子基金。比如：母基金规模100亿，每 20亿设立一个子基金，共设立五个子基金，并分别选择五家基金管理机构。
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一、PPP基金结构层面的退出分析
PPP基金，一般通过股权或“股+债”的模式投资于地方政府纳入到PPP框架下的项目公司，由项目公司负责具体基建项目的设计、建造、运营，政府根据协议授予项目公司一定期限的特许经营权，在基金存续期限届满时通过约定回购、份额出让或资本市场变现实现投资的退出。
通常情况下，PPP基金结构层面的优先级对接的是金融机构的理财资金，劣后级由社会资本方（施工方）认购。从退出期限上看，一般金融机构的理财资金的参与时间通常在2年之内，保险公司的参与期限在5年及以上，但仍可以通过期限错配滚动参与。从回购主体上看，一种方式为，优先级对劣后级退出，即在某时期优先级以一定的价格将基金份额转让给劣后级。通常，金融机构处于风控的原因，一般会要求认购劣后级的主体为金融机构优先级资金的退出提供最终兜底，以及第三方机构提供担保。另一种方式是由被投的项目公司作为回购的主体。具体来看，对于有稳定现金流的项目，可以每年剥离一部分项目收益作为回购基金投资到期回购股份。对于政府购买服务的项目，可以等项目建成移交，财政返还项目公司所需的资金成本和管理费用后，通过项目公司回购或减资的方式退出。
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